Ночью русские отряды вернулись в Калязин. Через день польско-литовское войско и казаки ушли к Троице-Сергиеву монастырю, а русское войско еще в течение месяца собирало силы в калязинском лагере.
Накопив достаточно сил, Скопин-Шуйский осенью 1609 г. двинулся к Москве, последовательно освобождая от поляков Переяславль-Залесский, Александровскую слободу, а затем и Троице-Сергиев монастырь.
При приближении русского войска к Москве тушинцы сняли осаду со столицы и бежали. Вполне вероятно, что в случае победы под Калязиным Яна Сапеги Троице-Сергиев монастырь мог пасть, так как силы защитников были на исходе, а следом пала бы и Москва. Это означало бы полный распад Московской Руси.
Победа под Калязиным имела огромное значение: с этого момента на защиту государства встали все, от мала до велика. Во главе этого народно-патриотического движения после преждевременной смерти князя Скопина-Шуйского стали сначала братья Ляпуновы, а затем Минин и Пожарский.
Победе народного ополчения активно содействовал келарь монастыря Авраамий Палицын, опальный дворянин, насильно постриженный в монахи и вернувшийся из ссылки при Борисе Годуновом. Он распространял по стране грамоты с призывом к объединению в борьбе против неприятеля. Палицыну удалось убедить Пожарского поспешить начать боевые действия. Ополченцам были хорошо знакомы проповеди Авраамия. Он умел зажечь сердца патриотизмом и ненавистью к захватчикам.
Осенью 1612 г. у стен монастыря в течение 5 дней народное ополчение во главе с Мининым и Пожарским готовилось к походу против поляков и освобождению Москвы от захватчиков.
После освобождения Москвы именно Авраамий Палицын был среди послов, отправленных в Кострому просить принять престол Михаила Романова.
Прошло 6 лет, Троицкая обитель залечивала раны, отстраивались подмонастырские селения, люди постепенно приходили в себя. Но Смутное время в России еще не закончилось, и новый претендент на российский престол, польский королевич Владислав, не сумев с ходу овладеть Москвой, оказался у стен Троицкого монастыря.
Едва оправившись от длительной осады, крепость снова оказалась в самой гуще военных событий. Обороной монастыря было поручено руководить Авраамию Палицыну, который впоследствии оставил свои воспоминания потомкам о Смутном времени, богатые историческими фактами и точными наблюдениями.