На королевское войско обрушился такой шквал артиллерийского огня, что поляки не решились на новую осаду монастыря. Владислав запросил мира, и в селении Деулино, расположенном поблизости от монастыря, 1 декабря 1618 г. было подписано Деулинское перемирие на длительный срок.
В память об этом событии селение получило новое название – Мирное, а на месте переговоров была построена церковь преподобного Сергия Радонежского. О героической защите Троице-Сергиева монастыря говорили по всей России. Крепость стала символом мужества и непобедимости русского народа. Авторитет монастыря рос, а вместе с этим росли и пожертвования в его казну. К середине XVII в. число крестьянских дворов, принадлежавших обители, достигло 16 811, что значительно превышало царские и патриаршии владения.
Большое количество крепостных крестьян и значительные денежные вклады давали возможность монастырским властям не только быстро вести восстановительные работы, но и возводить новые здания. Прежде всего были обновлены оборонительные укрепления монастыря.
Боевые башни были надстроены ввысь, а получившие серьезные повреждения переложены заново. Вся крепостная стена стала вдвое выше и толще. Реставрировались старые каменные здания, и строились новые. Восстановление подмонастырских селений тоже шло быстрыми темпами, и к 1623 г. количество дворов в слободах достигало уже 600.
Появился в монастыре и свой воинский гарнизон, куда набирали не только крепостных крестьян, но и всех желающих. Жили пушкари и стрельцы гарнизона в специально построенных для них слободках к западу от монастыря. Население посада быстро росло за счет привлечения на восстановительные работы мастеровых людей и ремесленников.
К середине XVII в. монастырь был существенно перестроен, сохранив старую планировку в прежних пределах. Архитектурный облик обители существенно изменился, ансамбль дополнили новые здания и пристройки.
По царскому указу с 1641 г. была проведена работа по составлению описи всех имеющихся сооружений и остального монастырского имущества. Благодаря трехлетнему труду специальной комиссии и появившемуся на иконах изображению монастыря стало возможным достаточно точно воссоздать архитектурный ансамбль крепости середины XVII в.
У восточной стены Трапезной выросла новая церковь Михаила Малеина, Никоновский придел был расширен, купола церквей покрыли блестящей жестью, а на крестах засверкала позолота.