11 ноября 2002 в Брюсселе на вопрос французского журналиста о нарушениях прав человека Чечне, Путин ответил следующим образом: «…если вы хотите совсем уж стать исламским радикалом и готовы пойти даже на то, чтобы сделать себе обрезание, то я вас приглашаю в Москву. У нас многоконфессиональная страна, у нас есть специалисты и по этой проблеме. Я порекомендую сделать операцию таким образом, чтобы у вас уже ничего не выросло» («Ведомости», 13.11.02).
В конце июня 2003 санкционировал «наезд на ЮКОС» – обыски и аресты в окружении Михаила Ходорковского, предварительно представленного во враждебной ЮКОСу прессе как потенциального соперника Путина и вдохновителя проекта замены президентской системы правления на парламентскую. Осенью 2003 г. М.Ходорковский был арестован.
В период первого президентства Путина сформировался новый олигархат из высших чиновников (в основном спецслужбистского происхождения), контролирующих важнейшие государственные и полугосударственные компания и одновременно являющихся бенефициарами крупных частных предприятий.
* * *
24 февраля 2004 Путин подписал указ об отставке правительства; исполняющим обязанности премьер-министра назначил Виктора Христенко. 1 марта 2004 выдвинул кандидатуру М.Фрадкова на пост главы правительства, которая 5 марта 2004 была утверждена Государственной Думой.
На президентских выборах 14 марта 2004 В.Путин получил, по официальным данным, 49.5657238 голосов избирателей (71,31%) при явке 64,39%.
В апреле 2004 г. повысил заработную плату себе и министрам.
9 мая 2004 во время праздничных торжеств на стадионе «Динамо» в Грозном сепаратистами взорвана правительственная трибуна, убиты 7 человек, в т. ч. президент Чечни Ахмад Кадыров и председатель ГосСовета Хусейн Исаев, тяжело ранен командующий оккупационной группировкой войск генерал Валерий Баранов.
22 июня 2004 в ходе нападения боевиков на Ингушетию погибло 88 человек.
В июле 2004 подписал закон «О государственной гражданской службе РФ», согласно которому полностью и на неопределенный срок сохраняются льготы и привилегии для государственных чиновников и членов их семей. В начале августа 2004 администрация президента провела через Государственную Думу закон об отмене льгот для других категорий населения с неполной и неэквивалентной заменой некоторых из них на денежные выплаты («Закон № 122 известный также как «закон о монетизации льгот»).