Став в мае 1990 года председателем Ленинградского городского Совета, А.Собчак взял В.Путина к себе на должность советника по международным вопросам, а после своего избрания (12 июня 1991) мэром Санкт-Петербурга одним из первых своих распоряжений назначил 28 июня В.Путина председателем Комитета по внешним связям (КВС) Санкт-Петербургского городского правительства.
После ликвидации ГКЧП В.Путин подписал заявление об отставке из органов и в начале 1992 года был переведен в действующий резерв КГБ в звании подполковника запаса.
* * *
В конце 1991 – начале 1992 г. В.Путин выступил инициатором продовольственного снабжения Санкт-Петербурга из-за границы в обмен на экспорт. 4 декабря 1991 он подписал письмо с таким предложением в Комитет по внешним экономическим связям (КВЭС) Министерства экономики: поскольку «единственным источником поступления продуктов в регион с января по февраль 1992 года может стать их импорт в обмен на экспорт», В.Путин просил предоставить петербургской мэрии квоту в размере 124 миллиона долларов на экспорт сырья (леса, нефтепродуктов, лома цветных металлов, а также 14 тонн редкоземельных металлов – тантал, ниобий, гадолиний, церий, цирконий, иттрий, скандий, иттербий), а возглавляемому им КВС – право на распределение квот и выдачу лицензий». 25 марта 1992 Минэкономразвития предоставило КВС Санкт-Петербурга право подписывать экспортные лицензии. Однако некоторые лицензии и контракты Путин и его заместитель Александр Аникин подписали еще до получения официального разрешения Москвы.
10 января 1992 по решению 13 сессии Петросовета была создана специальная депутатская Рабочая группа по расследованию деятельности КВС во главе с Мариной Салье (председателем комитета Петросовета по продовольствию) и депутатом Петросовета Юрием Гладковым.
М.Салье вспоминает, что сырье, в т. ч. содержащее редкоземельные элементы, продавалось с разрешения КВС за границу «по демпинговым ценам, на порядок ниже рыночных».
Рабочая группа М.Салье рекомендовала мэру отстранить В.Путина от занимаемой должности и передала материалы своего расследования в городскую прокуратуру и в Контрольное управление Администрации президента.
Прокуратура криминала в деятельности В.Путина не усмотрела, хотя прокурор города Владимир Еременко и направил А.Собчаку представление о «некорректно составленных договорах КВС и неверном оформлении некоторых лицензий». Председатель КВЭС П.Авен также не стал опротестовывать лицензии, выданные петербургским КВС. Тем не менее, заместитель В.Путина А.Аникин был вынужден оставить свой пост, а часть заключенных под эгидой В.Путина сделок была расторгнута.