В 395 году н.э. митраизм был запрещен; новая государственная религия не была еще готова распространить на все другие культы ту веротерпимость, о которой она сама столько мечтала. Позже духовенство церкви Святого Клемента пристроило к базилике апсиду. Она была сооружена над бывшим вестибюлем храма Митры. В базилике IV века службы проводились в течение 700 лет. После этого было объявлено, что храм может в любую минуту обрушиться, и история повторилась: помещения старой церкви были заполнены булыжником, и на ее стенах соорудили новую базилику, существующую и по сей день. Со временем о существовании старой церкви забыли и стали считать, что «новый» храм Святого Клемента с его сколой канторум VI века (оставшейся от первой церкви) был построен в XII веке.
Комнаты дворца, расположенные под северным приделом базилики, расчищены лишь частично. Проходящий через них коридор заканчивается винтовой лестницей, представляющей собой вход на верхний этаж. Проходя мимо стен, выложенных из булыжника, можно видеть, как комнаты здания I века заполнялись землей для поддержания базилики. Но, перед тем как подняться по лестнице и оказаться снова в IV веке, обратим внимание на еще одну особенность этого этажа – небольшую комнату, в которой видны следы могил. В первые века нашей эры существовал строгий запрет хоронить людей в пределах города, но после вторжений варваров в V веке н.э. эти запреты соблюдались уже не так строго. Поэтому этот небольшой склеп появился гораздо позднее, чем сама церковь.
Еще одна могила нарушает законы Древнего Рима – это гробница, принадлежащая не бедному римлянину VI века, а ирландскому монаху века XIX. Нам кажется вполне справедливым, что отец Джозеф Малули, отыскавший базилику IV века, нашел свое последнее пристанище в приделе этой церкви.
Читателю, наверное, не терпится узнать, кем же был святой Клемент. О нем известно очень мало, за исключением того, что он был папой, третьим по счету преемником святого Петра. Святой Клемент умер около 100 года н.э. и написал знаменитое «Послание к коринфянам», которое часто цитируется как доказательство того, что римские епископы уже в начале нашей эры обладали властью.
Поздняя традиция создала многочисленные легенды о святом папе. В «деяниях» святого Клемента, или историях, созданных после IV века и считающихся апокрифическими, говорится о том, что император Траян отправил Клемента в ссылку в Крым, где ему пришлось работать в копях. Его активная миссионерская деятельность среди его товарищей-осужденных вызвала гнев римлян, и они привязали Клемента к якорю и бросили в Черное море. Через некоторое время воды моря отступили и онемевшие от ужаса люди увидели на берегу гробницу, сооруженную ангелами. В эту гробницу они сложили мощи святого мученика. Часть этих событий отражена на фресках в церкви IV века.