Созданный в конце II века, храм Митры покоится на более древнем сооружении – жилом доме I века, который почти не затронут раскопками и который располагается за апсидой современной базилики. Сооружения под самой базиликой были раскопаны лишь частично; они появились одновременно с жилым домом и, возможно, были возведены на руинах домов, уничтоженных знаменитым пожаром в эпоху правления императора Нерона в 64 году н.э.
Проделанная в наше время дверь ведет из митраического вестибюля и школы в узкий проход. Напротив мы видим стену, обложенную блоками травертина – очень красивого местного камня, состоящего из слоев известняка. Из этого камня сооружались почти все здания Древнего Рима. Эта стена является верхушкой большого сооружения, шесть метров которого все еще находятся под землей. Оно поддерживает стены здания I века и является настоящим краеугольным камнем для церкви Святого Клемента – три стены храма IV века и две стены церкви XII века опираются на эту древнюю массивную структуру.
Дверь в стене современная. Она ведет в комнаты первого этажа так называемого дворца I века, построенного вокруг большого открытого двора, который до сих пор не раскопан; на нем стоит базилика IV века. Полностью раскопаны только комнаты под южным приделом церкви. Их пол выложен плитками с узором в «елочку», а стены выложены из кирпича в технике opus reticulatum, в которой ряды кирпичей образуют ромб, а не прямоугольник, как в современной кладке.
Проходя через эти мрачные, пустые комнаты, мы все время слышим звук текущей воды. Рядом протекает подземная река или проходит акведук, и людям, проводившим раскопки, пришлось затратить немало усилий, чтобы отвести эти воды в сторону и уберечь расчищенные комнаты от затопления.
>Рис. 3. План самого нижнего этажа храма Святого Клемента: 1 – пронаос митреума; 2 – триклиниум; 3 – митраическая «школа»; 4 – нераскопанный участок; 5 – дверь (1936 года), ведущая в проход к стене из туфа и во дворец; 6 – первоначальная лестница, ведущая в: 7 – дворцовый двор (не раскопан); 8 – южные комнаты (раскопанные в 1930–1938 годах); 9 – северные комнаты (раскопанные в 1945– 1949 годах); 10 – небольшие катакомбы и на лестницу (выход из дворца)
Ученые высказали предположение, что одна из этих скромных комнат служила для ранних христиан алтарем. Это было еще в те годы, когда христианство находилось под запретом. В документах упоминается, что в Риме в ту пору существовал культовый центр, названный в честь Клемента. После Миланского эдикта 313 года христиане стали осторожно выходить из подполья; вскоре после этого, незадолго до 400 года н.э., прямо поверх дворца была построена первая христианская церковь Святого Клемента. Для создания прочного фундамента базилики архитекторы, вместо того чтобы снести прочные стены дворца, просто заполнили его помещения булыжником. По странному капризу, красивую новую базилику поставили бок о бок со старым храмом бога Митры, который располагался в скромном жилом доме, но, словно в насмешку над ним, развернули ее задом к этому храму. Теперь этот храм оказался под современной церковью.