В январе 1867 года Шлиман подал прошение об «увольнении из русского подданства», но еще два года он будет писать то миролюбивые, то грозные письма жене, уговаривая ее переехать в Европу. Наконец в марте 1869 года Шлиман, используя не очень корректные методы, добился получения американского гражданства в штате Индиана и в соответствии с американскими законами развелся с Екатериной Шлиман. В сентябре того же года во время своего приезда в Афины Генрих Шлиман женился во второй раз, на молодой гречанке Софии Энгастроменос, которая была прекрасна, благовоспитанна и молода, моложе своего мужа на тридцать лет. Однако следует признать, что этот брак для Шлимана оказался удачным. София родила двух детей, получивших звучные имена героев греческой мифологии: Андромаха (родилась в 1871 году) и Агамемнон (в 1878 году). После смерти Шлимана София очень много сделала для увековечения заслуг своего мужа.
Однако 1866–1869 годы знаменательны не только потрясениями в личной жизни Шлимана. Именно в это время логика жизненного пути приведет его к подножию холма, раскопки которого сделают имя Шлимана известным всему образованному миру. Хотя «путь к Трое» отнюдь не был простым. Точнее, следует признать, что все предыдущие годы Шлиман вообще не искал Трою: в документах того периода нет никаких упоминаний об этом вопросе. Можно сказать, что Шлиман «споткнулся о Трою» во время очередного путешествия.
Весной 1868 года Шлиман отправился в поездку, которая должна была проходить по районам «классических древностей». Начал он с Италии, посетив античные руины великого Рима, а затем Неаполь, рядом с которым находятся знаменитые Помпеи. Через Сицилию Шлиман переправился на греческий остров Корфу, а оттуда на остров Итаку. Этот небольшой островок был прославлен Гомером как родина Одиссея и именно в этом качестве был интересен Шлиману. За те девять дней, которые он провел на этом острове, Шлиман из простого любопытствующего путешественника превратился в настоящего исследователя. Именно здесь, а не на земле Троады он провел свои первые археологические раскопки: он искал дом Одиссея, который так подробно был описан Гомером. И конечно, не нашел его. Затем Шлиман пересек полуостров Пелопоннес, посетив развалины Микен и Тиринфа (известные также из поэм Гомера) и не зная, что судьба вновь вернет его в эти места, чтобы раскопать важнейшие центры микенской цивилизации.