Барклай считал необходимым отступать и дальше. Ведь с каждой верстой к востоку силы французов должны были таять, а силы русских возрастать. Когда же перевес перейдет на сторону России – Великой армии и Наполеону наступит конец. Однако этого расчета не хотели понять ни армия, ни общество, ни император, требовавшие битвы во что бы то ни стало. Военного министра обвиняли в нерешительности, малодушии, государственной измене. Полководец стоически переносил оскорбления. Спасение возненавидевшей его армии стало единственной его целью, ей принес он в жертву свое самолюбие, свою репутацию.
Уступая голосу армии и страны, Александр I назначил главнокомандующим Кутузова, прибытие которого к армии 17 августа вызвало всеобщий энтузиазм. М.И. Кутузов продолжил отступление, но войскам отступать с ним казалось легче, нежели с Барклаем.
Накануне Бородинского сражения Барклай и генерал Кутайсов, начальник артиллерии 1-й армии, провели ночь в крестьянской избе. Михаил Богданович всю ночь писал и задремал только перед рассветом, запечатав написанное в конверт и спрятав его в карман сюртука. На восходе солнца, с первым выстрелом генерал Барклай в полной парадной форме, при орденах и шляпе с черным пером стоял со своим штабом на батарее позади деревни Бородино. По воспоминаниям современников, он явно искал смерти. Видя героизм и самоотверженность генерала, солдаты, отзывавшиеся о нем не очень лестно до Бородинского сражения, восторженно приветствовали его.
В сентябре 1812 года Михаил Богданович Барклай де Толли по болезни покинул армию и проживал в своем имении Бекгоф до выздоровления. В 1813 году он был возвращен на ключевые командные посты, с блеском провел заграничные кампании 1813–1814 годов. За победы в сражении при Кенигсварте и в битве при Кульме Барклай был награжден орденом Андрея Первозванного и орденом св. Георгия 1-й степени – высшими наградами России. При капитуляции Парижа Михаил Богданович стал сорок первым генерал-фельдмаршалом русской армии.
В 1815 году фельдмаршал вернулся на родину, командовал 1-й армией, включавшей почти две трети сухопутных сил России. Весной 1818 года он отправился в Германию для лечения на водах. Путь прославленного полководца лежал через Восточную Пруссию. Здесь Барклай тяжело заболел и 13 мая 1818 года скончался.