Кузнецов Константин Матвеевич, капитан 1-го ранга – 25.07–03.09.1941;
Ставицкий Сергей Петрович, вице-адмирал – 03–25.09.1941 и 17.03.1942—20.11.1944;
Коренев Константин Юлианович, контр-адмирал – 25.09.1941 – 17.03.1942;
Грен Иван Иванович, вице-адмирал – 27.04–03.09.1945.
Начальник управления связи:
Гаврилов Виктор Михайлович, инженер – вице-адмирал – 22.06.1941 – 03.09.1945 (эту кандидатуру нарком лично утвердил у Сталина, и вопросов у Генсека не возникло);
Начальник управления кораблестроения:
Исаченков Николай Васильевич, инженер-вице-адмирал – 22.06.1941 – 03.09.1945.
Начальники артиллерийского управления:
Акулин Михаил Иванович, контр-адмирал – 22.06.1941 – 03.1942;
Егоров Владимир Александрович, контр-адмирал – 03.1942—03.09.1945.
Начальник минно-торпедного управления:
Шибаев Николай Иванович, контр-адмирал – 22.06.1941—03.09.1945.
Начальники технического управления:
Орлов Александр Григорьевич, инженер-вице-адмирал – 22.06.1941—28.04.1945;
Савин Александр Николаевич, инженер-контр-адмирал – 22.04–03.09.1945.
Начальники химического управления (креатуры Л. П. Берия):
Смирнов Сергей Павлович, капитан 1-го ранга – 22.06.1941—09.1942;
Романов Борис Иванович, контр-адмирал – 09.1942 – 03.09.1945.
Начальник управления радиолокаций:
Архипов Сергей Николаевич, инженер-контр-адмирал – 16.07.1943 – 03.09.1945 (эта кандидатура была выдвинута наркомом, пожалуй, лучше других в советском руководстве понимавшим необходимость радиолокационного обеспечения ВМФ страны. Николай Герасимович на этом настаивал еще только вступив в должность наркома ВМФ, а затем позже, 27 мая 1941 года – в день гибели германского линкора «Бисмарк». Известно, что проект этого корабля был очень удачен, имел надежную схему бронирования, сверхмощное по тому времени вооружение, а компоновка корпуса давала линкору феноменальную живучесть, что обеспечило ему успешное уничтожение гордости британского флота линкора «Худ». Но спустя несколько часов «Бисмарк» был обнаружен благодаря имевшимся на вооружении в королевском флоте средствам радиолокации, которые, высчитав местонахождение германского рейдера, направили против него авианосец с авиацией и атаковали его. Моряки кригсмарине, чтобы не уронить чести немецких моряков, открыли кингстоны корабля, и он ушел ко дну, не сдавшись врагу. Архипов С. Н. был одним из самых высокопрофессиональных специалистов и заложил основы РЭБ – радиоэлектронной борьбы ВМФ).