Н.М. Карамзин в «Истории государства Российского» на основании «Сказания о Максиме Философе» полагал, что это была библиотека «греческих духовных книг, собранных отчасти древними великими князьями, отчасти привезенных в Москву Софиею». В дальнейшем наиболее распространенной стала версия, что основу княжеской библиотеки составили книги, принадлежавшие византийским императорам и привезенные в Россию женой Ивана III Софией Палеолог – племянницей последнего византийского императора.
Следующее известие о библиотеке относится уже ко времени Ивана IV Грозного, сына Василия Ивановича, и содержится в «Хронике», написанной рижским бургомистром Францем Ниенштедтом (1540–1622) в 1604 году.
После взятия Юрьева (Дерпта) Иван Грозный в 1565 г. выселил оттуда немцев и повелел расселить их по русским городам. В ссылку с ними последовал пастор Иоганн Веттерман. Он, видимо, не подозревался в сношениях с ливонским магистром, поехал добровольно и имел право свободного передвижения: «…пас свое стадо, как праведный пастырь, и, когда не было у него лошади, шел пешком от одного города до другого»; Иван Грозный знал пастора и отличал его. «Его, – сообщает Ниенштедт, – как ученого человека, очень уважал великий князь, который даже велел в Москве показать ему свою либерию, которая состояла из книг на еврейском, греческом и латинском языках и которую великий князь в древние времена получил от константинопольского патриарха, когда московит принял, христианскую веру по греческому исповеданию.
Эти книги, как драгоценное сокровище, хранились замурованными в двух сводчатых подвалах.
Так как великий князь слышал об этом отличном и ученом человеке, Иоганне Веттермане, много хорошего про его добродетели и знания, потому велел отворить свою великолепную Либерию, которую не открывали более ста лет с лишком, и пригласил чрез своего высшего канцлера и дьяка Андрея Солкана, Никиту Высровату и Фунику вышеозначенного Иоганна Веттермана и с ним еще нескольких лиц, которые знали московитский язык, как-то: Фому Шреффера, Иоахима Шредера и Даниэля Браккеля, и в их присутствии велел вынести несколько из этих книг.
Эти книги были переданы в руки магистра Иоганна Веттермана для осмотра. Он нашел там много хороших сочинений, на которые ссылаются наши писатели, но которых у нас нет, так как они сожжены и разрознены при войнах, как то было с Птоломеевой и другими либериями. Веттерман заявил, что хотя он беден, но отдал бы все свое имущество, даже всех своих детей, чтобы только эти книги были в Протестантских университетах, так как, по его мнению, эти книги принесли бы много пользы христианству». Ниенштедт сообщает и об источнике сообщаемых сведений: «Обо всем этом впоследствии мне рассказывали сами Фома Шреффер и Иоганн Веттерман. Книги были страшно запылены, и их снова запрятали под тройные замки в подвалы».