В строевом отношении Корпус был поделен на три роты по 120 воспитанников в каждой. 1-я рота (старшая) – гардемаринская. Из общего числа воспитанников 30 человек готовились к службе морскими артиллеристами, их после второго класса направляли для обучения в Артиллерийский и Инженерный корпус (в будущем – Военно-космическая академия им. А. Ф. Можайского), а засидевшихся отправляли на корабли как констапельских учеников. Отдельно решался вопрос о 30 геодезистах.
Учащимся был установлен мундир: кафтан и штаны зеленого цвета с белыми отворотами и пр. Количеством полос позумента на обшлагах, воротниках и шляпах обозначались класс и звания: 1-й класс (на флоте 1-й всегда старший) – в три полосы и т. д., сержантам на обшлагах добавлялись четыре ряда, каптенармусам, подпрапорщикам и фурьерам – три, капралам – два ряда.
В офицеры Корпуса Адмиралтейская коллегия направила бывших выпускников Академии, проявивших свои незаурядные качества при службе на флоте: Петра Чаплина, Григория Спиридова, Харитона Лаптева, Евстафия Бестужева, Ивана Голенищева-Кутузова, Егора Ирецкого, Ивана Шишкова и других.
Учителями в Корпус перешли преподаватели Морской академии. Профессор математики и морских наук Дж. Ньюбери был выписан из Лондона, при нем состояли Кривов, Четвериков, подмастерья Расторгуев, Бельцов, Бухарин и Курганов. Артиллерию читал Красильников. Для русского языка выписаны знатоки из московской Славяно-греко-латинской академии. Географию, генеалогию и прочие науки читал немец X. Гейльман.
В Корпусе изучалось 28 наук, по аналогии с бывшей Морской академией. Была расширена программа общего образования. Традиционно глубоким было изучение математики и навигации, для чего в штате были профессор и учителя с подмастерьями. Мореходную астрономию преподавали способные ученики «большой астрономии», артиллерию и фортификацию – сведущие офицеры. Поскольку будущим корабельным офицерам предстояло выполнять гидрографические работы, то в Корпусе было два учителя рисования с подмастерьями, для этого же было рекомендовано образовать класс геодезии из 50 человек (впоследствии его передали в распоряжение Академии наук). Боцман обучал такелажному делу, для лучшего обучения было предписано иметь малый кораблик. В Корпусе преподавали русский язык и правописание, а также несколько иностранных языков: французский, английский, немецкий. В преддверии будущих войн 1760-х гг. дополнительно было заведено изучение датского и шведского языков, но, как оказалось в последующем, следовало учить еще и греческий, и турецкий. Специально для обучения танцам были заведены фехтмейстер и танцмейстер, причем танцевальная экзерциция считалась важнее фехтовальной.