Учебный курс был разделен на три класса (по-современному – курса). Первый – гардемаринский класс, второй – выше тригонометрии и третий – ниже тригонометрии. Обучавшихся во втором и третьем классе стали называть кадетами.
Учебный распорядок включал в себя: с 7.00 до 11.00 – теоретические предметы, с 14.00 до 18.00 – упражнения.
При переходе из класса в класс устраивались экзамены. Точного срока пребывания в каждом классе установлено опять не было, но дольше трех лет учиться не дозволялось. Таким образом, обучение воспитанника начиналось в 11 лет, а к 20-летнему возрасту ему надо было окончить учебу и перейти на службу, но дозволялось сделать это и раньше.
В 1760 году капитан 1-го ранга А. И. Нагаев сдал во временное управление Морской корпус капитану 1-го ранга А. М. Давыдову, а того вскоре сменил контр-адмирал Ф. С. Милославский. Федор Сергеевич энергично взялся за дело, ибо ему поручили «привести корпус в должный порядок», и составил план конкретных мероприятий. Однако при этом он поставил перед Адмиралтейств-коллегией единственное условие: упорядочить финансирование Корпуса, ибо отпускаемые на его содержание кредиты по непонятным причинам не только необоснованно резко занижались, но и выплачивались не полностью, отчего педагоги увольнялись из Корпуса, хозяйственная служба работала на пределе, а выпускники не могли должным образом экипироваться для прибытия на флот.
Морской корпус в эпоху императрицы Екатерины II
В 1762 году после прихода к власти Екатерины II директором Корпуса назначили хорошо образованного выпускника Морской академии капитана 2-го ранга Ивана Логгиновича Голенищева-Кутузова. Мичманом он два года занимался гидрографической съемкой Финского залива под началом А. И. Нагаева, затем командовал кораблями «Москва» и «Северный Орел». В 1761 г. капитан-лейтенант И. Л. Голенищев-Кутузов был назначен секунд-интендантом флота. Тогда же привлекался к преподаванию в Морском корпусе и по рапорту коллегии назначен с резолюцией императрицы: «Капитану II ранга Голенищеву-Кутузову быть в оном корпусе впредь до указу, вместо положенного по штату капитана I ранга и помянутому Кутузову от интенданта Давыдова Морской корпус принять».
В 1763 году Иван Логгинович был произведен в капитаны 1-го ранга и приставлен одновременно с сохранением должности в Морском корпусе к цесаревичу Павлу Петровичу преподавать морские науки. В результате этого ему легко удалось добиться увеличения денежных ассигнований на Корпус, что в значительной мере способствовало улучшению повседневной жизни кадетов, приумножить денежное содержание всех чинов учебного заведения и значительно увеличить численность преподавательского состава.