С осени 1882 г. начальником Училища был назначен контр-адмирал Свиты его величества Д. С. Арсеньев. Будучи воспитателем великих князей Сергея Александровича и Павла Александровича, он привнес в училище «придворный» стиль, сделав главным предметом танцы, для чего был приглашен артист балета Гельцер. В результате воспитанники дали новому директору прозвище «шаркун».
Правление Д. С. Арсеньева отвечало духу времени Александра III – времени контрреформ. Он возглавлял училище в течение 14 лет, до коронования Николая II. По воспоминаниям А. Н. Крылова, «ему было предписано истребить в Морском училище дух „превратного толкования“, и он решил, что самый простой и верный способ – это истребить всякое толкование». По поводу назначения Д. С. Арсеньева директором Морского училища адмирал Дмитрий Захарович Головачёв в разговоре с коллегами довольно язвительно замечал, что «новый начальник имел под своим ведением двух великих князей и двух придворных лакеев и поэтому ему дали воспитывать 700 кадет».
В 1885 г. на год понизили возраст поступающих. Училище в это время состояло из шести рот-курсов: гардемаринская рота, воспитанники которой назывались гардемаринами, четыре строевых роты и нестроевая рота – шестая, для малолетних. Прием в Училище производился лишь в шестую роту. Лишь отдельные личности, и то по особому разрешению, могли поступить в старшие роты. Кроме этого были отменены пробные плавания перед вступительным экзаменом, восстановлено звание «гардемарин» для учащихся специальных классов, от кадет они отличались якорями на погонах. Также было отменено строевое звание «гардемарин», присваиваемое выпускникам.
Тем не менее в этот же период был обеспечен высокий уровень преподавания, в чем заслугу приписывают инспектору классов капитану 1-го ранга П. П. Вальронду и его помощнику полковнику Я. И. Павлинову. По оценке А. Н. Крылова, все преподаватели были отличными. Математику преподавали: автор учебника Н. Н. Зыбин, капитан 2-го ранга А. А. Бартенев и А. Н. Страннолюбский (1839—1903), преподававший Великим князьям (в 1868 г. он занимался с 18-летней Софьей Ковалевской), а с осени 1870 г. читавший лекции по математике на Аларчинских женских курсах. Из других лучших преподавателей вспоминают А. Д. Дмитриева с 40-летним стажем и П. К. Гейлера со стажем более 50 лет.