В конце 1880-х гг. в Училище преподавали А. Н. Крылов, а также Юлий Михайлович Шокальский (внук Анны Петровны Керн, которой А. С. Пушкин посвятил стихотворение «Я помню чудное мгновенье…»), окончивший Училище в 1877 г. и преподававший затем математику, навигацию и физическую географию (автор термина «Океанография» и «Мировой океан», впоследствии председатель Географического общества СССР). Вместе с Ю. М. Шокальским окончил Училище и Григорий Иванович Шульгин, который также стал преподавать в Училище в 1884 г. и стал затем автором учебников по плоской и сферической тригонометрии, морской съемке, задачника по мореходной астрономии и других пособий (в 1897 г. назначен помощником инспектора классов Морского кадетского корпуса, продолжая вести курс мореходной астрономии). Навигацию и астрономию преподавали штурманы П. К. Бубнов и М. М. Беспятов, автор нескольких учебников. Девиацию читали Я. И. Павлинов и А. Н. Кудинович. Лекторами по математике и теории корабля были В. М. Сухомель и А. М. Бригер, по артиллерии – И. А. Яцыно. В эти же годы в Морском училище начал работать Н. Л. Кладо, который сумел блестяще организовать преподавание курса Военно-морской истории, а впоследствии – Тактики флота. На выпускных экзаменах комиссия особо отметила прекрасные знания гардемаринов по предметам, относящимся к кораблевождению, астрономии, лоции, навигации и морской съемке.
Николаевская морская академия к концу 80-х годов XIX века состояла из трех отделов: Гидрографического, Механического и Кораблестроительного. В академию принимались морские офицеры, прослужившие не менее двух лет в офицерских чинах и успешно выдержавшие вступительные экзамены. Комплект слушателей на каждом курсе был весьма небольшим: набор на Гидрографическое отделение составлял 10 человек, на два остальные – всего по 5 человек.
В 1891 г. Училищу, фактически перешедшему с 1885 г. на «Положение Морского кадетского корпуса» былых времен с общими и специальными классами, было возвращено его историческое название.