В этот же день всех старших гардемаринов император торжественно и досрочно произвел в офицеры. Из этого выпуска, который был назван «Первым Царским», десять первых по выпуску (лучших) гардемаринов получили от Николая II согласие на прикомандирование к Тихоокеанской эскадре (Квантунский флотский экипаж) в Порт-Артуре. По прибытии в эскадру вновь испеченные офицеры героически сражались, при этом трое из них погибли в морских боях с японским флотом. Два гардемарина были направлены в Сибирский флотский экипаж (Владивосток), 75 – в Балтийские флотские экипажи, готовящиеся к переходу в Тихий океан в составе 2-й эскадры адмирала З. П. Рожественского (23 мичмана из этого выпуска трагически погибли в Цусимском сражении), 40 – в Черноморские экипажи и 1 – на Каспийскую флотилию.
Весной 1904 года директором Морского кадетского корпуса назначили контр-адмирала Николая Александровича Римского-Корсакова (выпускника 1870 г.), как пишут историки, добродушного и интеллигентного человека, сердечно относившегося к воспитанникам, что ни в коей мере не способствовало снижению дисциплины, налаженной в Корпусе его грозным предшественником. На посту директора Николай Александрович оставался до 1906 года, когда 7 августа высочайшим указом его назначили товарищем (заместителем) Морского министра. По воспоминаниям воспитанников Корпуса, адмирал отличался редкой добротой, тактом и заботливостью о кадетах и гардемаринах, за что они дали ему прозвище «Апостол».
Представление о масштабах трагедии Тихоокеанского флота на Дальнем Востоке гардемарины Морского кадетского корпуса получили, прослушав лекцию капитана I ранга Н. О. фон Эссена (выпускник Морского училища 1880 г.), героя Порт-Артура и Георгиевского кавалера, в Главной морской библиотеке Адмиралтейства.
В конце февраля 1905 года состоялся второй досрочный «Царский выпуск» старших гардемаринов Корпуса, к середине февраля сдавших досрочно все экзамены. Высочайшим приказом по Морскому ведомству из Морского кадетского корпуса досрочно были выпущены 121 человек, получившие назначения на корабли, базировавшиеся во внутренних морях Российской империи. 21 февраля состоялось представление вновь испеченных офицеров императору в Царском селе.
В декабре 1906 года в Кронштадте после позорного поражения российского флота в Русско-японской войне состоялся военно-морской суд, признавший виновными в позорной капитуляции командующего отрядом Н. И. Небогатова и его офицеров В. В. Смирнова, С. И. Григорьева и Н. Г. Лишина. Их приговорили к смертной казни, замененной Николаем II десятилетним заключением в крепости. Вместе с ними также осудили старших офицеров, спустивших на своих броненосцах Андреевский флаг и поднявших на флагштоке флаг Японии. Часть печати позора легла и на Морской корпус, подготовивший большую часть данных офицеров.