Назначенный весной 1905 года Морским министром адмирал А. А. Бирилёв после изучения многочисленных предложений и проектов по реформированию Морского кадетского корпуса был вынужден дополнительно учредить Специальную комиссию для пересмотра всех учебных программ по подготовке офицеров флота. Ознакомившись с работой Морского корпуса, комиссия отметила слабую подготовку воспитанников по таким важным предметам, как теория корабля и корабельная архитектура, корабельная артиллерия, минное дело, электротехника, беспроволочный телеграф, законоведение, морская администрация и морская гигиена.
По распоряжению Морского министра в Морском корпусе в срочном порядке дополнительно оборудовали современные учебные кабинеты и лаборатории: электротехнический кабинет, химическая лаборатория; расширены и переоснащены были физический и минный кабинеты. Впервые в Корпусе были введены обязательные практические занятия по радиотелеграфу, проекционному черчению и морской гигиене.
Комиссия рекомендовала руководству Корпуса также обратить более серьезное внимание на изучение математики – основы важнейших учебных курсов: мореходной астрономии, теории девиации компасов, теории артиллерийской стрельбы и целого ряда других практических специальных морских дисциплин.
По рекомендации Комиссии традиционный порядок проведения учебных занятий в специальных гардемаринских классах заменили так называемой «репетиционной системой». Новая система обучения являлась достаточно прогрессивной и более эффективной. Теперь практические занятия и лекции у воспитанников специальных классов дополнялись обязательными «репетициями», предусматривавшими поэтапную сдачу преподавателям определенных разделов той или иной учебной дисциплины. Своеобразные зачеты («репетиции») проводились обычно после основных занятий, 2 раза в неделю (по вторникам и пятницам).
Распоряжением адмирала А. А. Бирилёва был обновлен практически весь преподавательский состав Корпуса. В 1905 году в Корпусе стали работать молодые способные преподаватели, такие как лейтенант А. Н. Щеглов – специалист по вопросам военно-морской истории, лейтенант А. И. Шейковский – бывший штурман крейсера «Новик», возглавивший курс тактической навигации. Лейтенант В. Я. Павлинов возглавил курс теории девиации компасов. Подполковник А. П. Шершов стал во главе учебного курса корабельной архитектуры и теории корабля. Лейтенант С. И. Бубнов значительно улучшил преподавание вопросов морской тактики и стратегии на основе детального изучения боевых и технических средств потенциальных противников. Наряду с молодежью в корпусе продолжали работать и известные ученые, авторитеты с мировым именем: Ю. М. Шокальский, И. Б. Шпиндлер – авторы капитальных научных трудов и учебников по океанографии и метеорологии, полковники А. М. Бригер, В. М. Сухомель и многие другие.