7 августа 1906 года директором Морского корпуса был назначен капитан I ранга Степан Аркадьевич Воеводский, на чью долю выпало претворение в жизнь практических преобразований и мероприятий, предписанных актом Специальной комиссии под председательством Морского министра.
По свидетельству современников, опытному морскому офицеру директору Корпуса С. А. Воеводскому удалось успешно справиться с этой огромной работой. При нем воспитанники трех старших гардемаринских рот впервые стали приводиться к присяге. Ответственный воинский ритуал оказал на гардемаринов такое огромное психологическое воздействие, что некоторые из них, испугавшись суровой ответственности за свои будущие проступки, поспешили уйти из Корпуса с аттестатом об окончании среднего учебного заведения.
6 ноября 1906 года, в день традиционного Корпусного праздника, все гардемаринские роты впервые приняли присягу в Столовом зале, перед огромным царским портретом. Директор Корпуса громким четким голосом медленно читал текст присяги, а гардемарины, подняв три пальца правой руки (за Веру, Царя и Отечество), внятно повторяли за ним слова воинской клятвы.
С 1906 по 1912 года обучение в Корпусе было пятилетним, начиная с 5-й роты. В 1913 г. приемный возраст снизили на год, прием стал производиться в 6-ю роту. Таким образом все вернулось на круги своя: общие кадетские классы – 3, специальные гардемаринские – 3. В младшие роты набирали 60 человек.
5 апреля 1907 года император Николай II произвел смотр батальону Морского корпуса в Царском Селе. За «блестящее состояние и военную выправку» воспитанники удостоились высочайшей благодарности, а С. А. Воеводского царь произвел в контр-адмиралы.
Среди воспитанников Морского корпуса новый директор пользовался уважением и популярностью. По их мнению, «он сумел возродить былое почтение к старейшему военно-морскому учебному заведению и его старым стенам».
Стараниями С. А. Воеводского Учебный отряд судов Морского корпуса пополнился новыми кораблями. Теперь, кроме учебных судов «Минин», «Рында», «Верный», «Воин» и шхун «Моряк» и «Забава», в отряд передали крейсера I ранга «Аврора» и «Диана».
Новая программа учебных занятий в гардемаринских классах предусматривала довольно обширный перечень специальных морских дисциплин: Навигация (137 ч), Электротехника (75 ч), Кораблестроение (50 ч), Морская съемка (50 ч), Химия (75 ч), Физическая география (62 ч), Пароходная механика (75 ч), Морское дело (75 ч), Минное дело (75 ч), Девиация компасов (50 ч.), Военно-морская администрация (25 ч), Законоведение (75 ч), Артиллерия (150 ч), Теория корабля (50 ч), Фортификация (62 ч), История военно-морского искусства (50 ч), Мореходная астрономия (275 ч), Морская тактика (62 ч) и Морская гигиена (25 ч). Также были включены в число обязательных: французский язык (75 ч), английский язык (75 ч), русский язык (125 ч), Закон Божий (50 ч), Аналитическая геометрия (50 ч), Теоретическая механика (150 ч), Начала дифференциального и интегрального исчисления (100 ч).