Были введены обязательные практические и лабораторные занятия по химии, физике, минному делу, девиации компасов, лоции, электротехнике и астрономии, которые проводились в хорошо оснащенных кабинетах и лабораторных помещениях основного учебного Корпуса.
В 1908 году контр-адмирал С. А. Воеводский был назначен заместителем Морского министра, а в начале 1909 года он занял пост Морского министра.
7 июля 1908 года новым директором Морского корпуса стал капитан I ранга Александр Иванович Русин (выпускник Морского училища в 1878 г.), исполнявший до этого обязанности заместителя начальника Главного морского штаба.
При А. И. Русине Высочайшим волеизъявлением Морской корпус был признан «Старой Гвардией», в результате чего ему передали все старые корпусные знамена, ранее хранившиеся в Морском музее.
В 1910 г. из состава Морского корпуса была выведена Николаевская морская академия, которая стала самостоятельным образовательным и научным учреждением. Была введена отдельная должность начальника Николаевской морской академии в ранге вице-адмирала с непосредственным его подчинением непосредственно Морскому министру. В 1910 г. императором Николаем II были утверждены новые Устав и Положение о Морской академии. В первой статье Положения записано: «Николаевская морская академия принадлежит к разряду высших учебных заведений и имеет своим предназначением дать обучающимся в ней офицерам высшее военно-морское образование и высшее специальное техническое образование, соответствующее современным требованиям военно-морской службы». По этому положению, Академия включала четыре отдела: Военно-морской, Гидрографический, Механический и Кораблестроительный.
В 1912 году Морской министр утвердил новые, значительно расширенные штаты Морского корпуса.
В феврале 1912 года Николай II посетил Морской корпус и остался доволен увиденным. После посещения Корпуса император произвел А. И. Русина в вице-адмиралы, а спустя год он назначил его начальником Главного Морского штаба. По мнению выпускников Морского корпуса, их отношение к адмиралу А. И. Русину «было всегда и неизменно хорошее, как и его отношение к ним».
Преемником А. И. Русина на посту директора Морского корпуса стал капитан I ранга Виктор Андреевич Карцов с оставлением в должности командира учебного крейсера «Аврора». В. А. Карцев оставался в должности директора во время всего периода Первой мировой войны, вплоть до трагических дней крушения Российской империи. По существу, он стал последним директором «царского периода Гнезда Петрова» в Петрограде.