2 ноября 1925 года на собрании слушателей Училища было решено ходатайствовать перед руководством страны о присвоении училищу имени М. В. Фрунзе, что и было сделано приказом №20 Реввоенсовета СССР от 7 января 1926 г.
1 мая 1926 года ВМУ им. М. В. Фрунзе перешло на новый штат, рассчитанный на 825 курсантов и 75 слушателей параллельных классов.
В августе 1926 года приказом Реввоенсовета СССР был введен 4-летний срок обучения в училищах с одногодичным подготовительным курсом.
Этим же приказом было расформировано Гидрографическое училище ВМФ, располагавшееся в здании Адмиралтейства, просуществовавшее 4 года и сделавшее 4 выпуска. Гидрографическое училище было преобразовано в Гидрографический отдел ВМУ им. М. В. Фрунзе, куда перешло 35 второкурсников. Уже в стенах ВМУ им. М. В. Фрунзе произошел пятый выпуск гидрографов в количестве 15 человек. Из этого выпуска наиболее известны имена вице-адмирала М. А. Воронцова, капитанов 1-го ранга В. В. Алексеева, О. А. Борщевского, А. А. Смирнова, А. И. Швейцарова-Швейцаренко, Д. В. Шинкова (будущего начальника Северной гидрографической экспедиции, где много позже служил автор).
В 1926 году без учета гидрографов было выпущено 110 человек, среди которых был будущий легендарный Нарком ВМФ адмирал флота Советского Союза Николай Герасимович Кузнецов, будущий начальник этого же училища Семен Спиридонович Рамишвили и многие другие.
В Училище значительно повысилось качество учебной работы: были созданы новые лаборатории и кабинеты, вводились новые учебные планы, существенно изменялось содержание программ военно-морских дисциплин, были изданы новые учебники.
Летом 1927 году в Училище состоялся шестой выпуск – 109 командиров с основного и старшего специального курсов и 11 гидрографов.
В 1927 году прием курсантов на Гидрографический отдел Училища был прекращен и было принято решение готовить гидрографов на Специальных курсах командного состава флота после окончания ими ВМУ им. М. В. Фрунзе.
В 1928 г. осенью Училище отпраздновало свое 10-летие, подчеркнув свою преемственность от Курсов командного состава флота.
В наступившем учебном году были введены новые дисциплины: Электромеханические навигационные приборы, Военно-химическое дело (вместо общей химии), Проекционное черчение и Начертательная геометрия.