С 9 сентября 1922 начальником Училища стал один из его преподавателей, бывший командир крейсера «Аврора», Евгений Францевич Винтер (выпускник Морского корпуса 1910 г.).
В 1922 г. из Училища были выделены Отделения общеобразовательного курса, а в сентябре выделен Технический отдел (212 курсантов) для создания отдельного Военно-морского инженерного училища. Все это создало предпосылки для формирования командного военно-морского училища как специального учебного заведения закрытого типа.
Военно-морское училище
(1922—1926)
10 октября 1922 года Училище командного состава флота преобразовали в Военно-морское училище. Деление по специальностям упразднили, а училище стало готовить строевых офицеров: вахтенных начальников.
В преобразованном Военно-морском училище (ВМУ) осталось всего 390 слушателей. Из более 250 человек, призванных в 1919 г., окончило училище в 1923 г. только 32 человека.
30 октября 1922 года были утверждены «Положение о Военно-морском училище» и новый штат на 454 человека.
Согласно Положению, Военно-морское училище должно было воспитывать командира-единоначальника. На теоретическое обучение был отведен 41 месяц, а на практическое плавание на боевых кораблях – 13 месяцев (три 3-месячные учебные практики и летнее плавание после окончания теоретического курса сроком в 4 месяца).
В марте 1924 года, после внезапной смерти Е. Ф. Винтера, начальником Училища был назначен Николай Александрович Бологов (выпускник Морского корпуса 1914 г.), командир линкора «Парижская коммуна», а комиссаром – Лазарь Моисеевич Шацкий (расстрелян в 1937 г.). Начальником учебной части был назначен преподаватель Училища Борис Павлович Хлюстин (выпускник Морского корпуса 1904 г., будущий контр-адмирал и доктор наук), с 1912 года преподававший в Морском корпусе.
Военно-морское училище имени М. В. Фрунзе (1926—1939)
31 октября 1925 года скончался после операции язвы желудка (официальная версия) председатель Реввоенсовета СССР и Нарком по военным и морским делам М. В. Фрунзе (обратите внимание на некорректное название «военным и морским», как будто морские не являлись военными. Данная нелепость, к сожалению, была повторена и в 2012 году при очередном переименовании Училища), начавший в 1924 году масштабные реформы в Вооруженных силах по сокращению численности и реорганизации их штатной структуры.