В дальнейшем начальниками Института были: с декабря 2002 г. – контр-адмирал О. Д. Демьянченко (выпускник Черноморского военно-морского училища им. П. С. Нахимова), с 2006 по 2012 гг. – контр-адмирал Ю. П. Еремин (выпускник ВВМУ им. М. В. Фрунзе 1978 г.).
В 2008 году Штурманский и Гидрографический факультеты ввиду сократившегося их количественного состава были объединены в Штурманско-гидрографический факультет. Та же судьба постигла и факультетские кафедры Гидрографического факультета, из двух кафедр была образована кафедра Навигационно-гидрографического и гидрометеорологического обеспечения, но объединение не затронуло двух кафедр Штурманского факультета.
В 2008 году в историческом помещении храма во имя Святителя Павла Исповедника (архиепископа Константинопольского) и Святого праведного воина Федора Ушакова под правым куполом Морского корпуса на 3-м этаже началось восстановление домовой церкви, а на самом куполе был восстановлен православный крест (можно увидеть на фото здания, приведенном на заглавной странице книги). Большую руководящую роль в воссоздании храма оказали выпускники Штурманского факультета – начальник Училища контр-адмирал кандидат военных наук Ю. П. Еремин (1978) и заместитель начальника по учебной и научной работе доктор военных наук капитан 1 ранга И. И. Малышев (1982) (Иван Иванович, принявший в 1994 году от автора нештатную должность командира Знаменной группы училища, и в настоящее время проводит большую работу по возрождению исторических традиций «Гнезда Петрова»).
Спонсировали ремонт храма Государственный навигационно-гидрографический научно-исследовательский институт ВМФ, возглавляемый выпускником с отличием Штурманского факультета 1972 года контр-адмиралом доктором технических наук С. П. Алексеевым, и ФГУНПП «Севморгео», возглавляемое также выпускником Штурманского факультета 1978 года капитаном 1 ранга запаса кандидатом технических наук М. Ю. Шкатовым (в это время автор был заместителем генерального директора этого морского геологического научно-производственного предприятия по геоэкологии).
15 июля 2009 г. Морской корпус Петра Великого – Санкт-Петербургский военно-морской институт вошел в состав Военного учебно-научного центра (ВУНЦ) ВМФ «Военно-морская академия имена адмирала флота Советского Союза Н. Г. Кузнецова» на правах филиала.