1 ноября 1998 г. во исполнение постановления Правительства Российской Федерации о Высшем военно-морском училище им. М. В. Фрунзе и Высшем военно-морском училище подводного плавания им. Ленинского Комсомола был создан Санкт-Петербургский военно-морской институт (почему-то без всякого названия).
После объединения двух в прошлом славных училищ они тем не менее остались на своих исторических местах. Бывшее ВВМУ им. М. В. Фрунзе занимало первую площадку – военный городок №18, здесь же находилось командование Института. Бывший ВВМУПП им. Ленинского Комсомола занимало военный городок №64.
На двух площадках были сохранены шесть факультетов: два Штурманских (надводных кораблей и подводных лодок), Гидрографический, Противолодочного и трального вооружения (надводных кораблей), Ракетного вооружения подводных лодок и Противолодочного, торпедного и минного вооружения подводных лодок.
С августа 1999 г. начальником института был назначен надводник контр-адмирал Н. А. Скок (выпускник ВВМУ им. М. В. Фрунзе 1972 г.).
25 января 2001 года в связи с 300-летием военно-морского образования в России состоялось поистине историческое событие. Институту постановлением Правительства РФ было возвращено его историческое название: «Морской корпус Петра Великого – Санкт-Петербургский военно-морской институт».
Подготовка офицеров осуществлялась на 5 факультетах: Штурманском, Гидрографическом, Минно-трального и противолодочного вооружения, Крылатых и баллистических ракет подводных лодок и Специальных вооружений, по следующим специальностям:
– Кораблевождение надводных кораблей и подводных лодок;
– Корабельные автоматизированные комплексы и информационно-управляющие системы;
– Автоматизированные системы управления морской техникой;
– Гидрография и навигационное обеспечение судоходства;
– Электроника и автоматика физических установок.
Кроме этого, в Институте осуществлялась подготовка специалистов со средним профессиональным образованием (мичманов) по специальности «Автоматические системы управления».
В 2001 году был прекращен прием абитуриентов в Гидрометеорологический класс Гидрографического факультета, и в 2005 году состоялся последний выпуск офицеров-гидрометеорологов. Данное решение приведет со временем к тому, что в гидрометеорологические центры и станции флотов будут назначать не очень подготовленных в этом отношении офицеров-гидрографов, либо начнут, как в советское время до 1975 года, призывать на службу выпускников Российского государственного гидрометеорологического университета…