Однако фактическим правителем Московского княжества и наставником князя стал митрополит Алексий. Это был человек огромного ума, большого такта, широкого политического кругозора. Он имел поддержку среди большинства православных людей, живших в Московском княжестве, что по тем временам имело решающее значение.
Более того, в качестве верховного главы русской церкви Алексий обладал вполне реальной властью над всеми русскими князьями без исключения. Митрополии служили тверичи и суздальцы, рязанцы и смоляне, киевляне и белорусы, новгородцы и псковичи, крещеные татары и карелы.
Митрополит сумел установить доверительные отношения с ханом Джанибеком и его женой Тайдулой. Однако царствование Джанибека закончилось трагически: его старший сын Бердибек убил отца, захватил трон и казнил всех своих братьев. Вскоре изверг-отцеубийца был убит. После этого объявился целый ряд самозванцев. Кульпа, Навруз и другие называли себя уцелевшими детьми Джанибека. В результате за несколько лет в Орде сменилось несколько десятков ханов. Русские летописцы очень точно назвали происходившее в Орде «великой замятней».
«Замятней» воспользовался митрополит Алексий. Используя нужду очередного хана в русском серебре, он сумел в обмен на финансовую поддержку получить ханскую грамоту, удостоверяющую, что великое княжение владимирское является наследственным правом московских князей. Без кровопролития и войн митрополит присоединил к Москве Ростов, Галич, Соликамск.
Наставник юного князя активно вмешался в усобицу нижегородских князей Дмитрия Суздальского и Бориса Городецкого. Благодарный митрополиту, Дмитрий Константинович в 1364 году добровольно отказался от ярлыка на великое княжение владимирское. Он признал первенство московского князя Дмитрия и отдал ему в жены свою младшую дочь Евдокию.
Столь же активное участие принял владыка Алексий в конфликте Москвы с тверским князем Михаилом Александровичем. Михаил Тверской был серьезным противником для Дмитрия, ибо отличался бесстрашием, способностями и крутым нравом. Более того, Михаил пользовался поддержкой могучего покровителя – Ольгерда Литовского. Московское правительство ответило на создание тверско-литовской коалиции строительством белокаменного Кремля в 1367–1368 годах.
Кроме мер оборонительного характера митрополит и его воспитанник попытались расправиться с тверским властителем. Алексий вызвал Михаила в 1368 году в Москву якобы для третейского суда с его двоюродным братом. Несмотря на гарантии неприкосновенности, данные митрополитом и великим князем Дмитрием, тверской князь и его бояре были схвачены и разведены по боярским дворам в заточение. Лишь вмешательство ордынских послов, оказавшихся тогда в Москве, вернуло Михаилу свободу.