Дисциплина, установленная начальником Академии в период обучения там Куропаткина, была железной. Никакой расхлябанности, неорганизованности – обязательное посещение лекций, в отношении слушателей, пропускающих занятия, была установлена строжайшая отчетность; пропуск срока сдачи работ без крайне уважительных причин считался неисполнением данной работы со всеми вытекающими последствиями, вплоть до отчисления. Поэтому поступление отнюдь не означало автоматического окончания академии: до выпускных экзаменов доходило порядка восьмидесяти-девяноста процентов слушателей, остальные, не выдержав тяжёлой учебной нагрузки, отчислялись и направлялись по месту предыдущей службы. Для офицера такое событие безусловно, становилось трагедией, случались даже самоубийства на этой почве. Но, несмотря на это, такая жёсткость была несомненно оправдана. Выходцы из Академии должны были стать действительно элитой с высочайшими волевыми и профессиональными качествами. Обращалось особое внимание и на нравственную оценку офицеров, обучающихся в Академии, «с тем, чтобы по возможности, оградить генеральный штаб от личностей, не соответствующих его требованиям».
В приказе Военного министра №119 от 11 апреля 1863 г. объявлено, «чтобы в академию не направлялись офицеры, замеченные в чем-то предосудительном, а также обремененные долгами, и чтобы к поступлению в академию представлялись только такие офицеры, кто отличался строгой исполнительностью и исправностью по службе». При выборе кандидатов для поступления обращалось внимание на физические качества, не допускались к обучению: «офицеры косноязычные, заикающиеся, страдающие глухотой и одержимые вообще физическими недостатками, а равно офицеры, вовсе не умеющие ездить верхом». К счастью, Алексей после службы в Туркестане наездник был знатный, что же до его физических и нравственных качеств, то и здесь всё было в порядке. Дисциплины, которые изучали слушатели были следующими: тактика, стратегия, военная и политическая история, военная администрация, военная статистика, геодезия и картография, черчение, русский и два иностранных языка, международное право, сведения по инженерной и артиллерийской частям. Кроме того, дополнительно изучалась военная гигиена и устройство и употребление военно-походных телеграфов.