Некоторые исследователи также указывают, что во многих работах недооценивается религиозная составляющая в отношениях Минского двора с тибетскими ламами
Другие обращают внимание на торговый аспект отношений, замечая, что из-за постоянной нужды в лошадях, империя Мин придавала исключительное значение меновой торговле, где лошадей получали в обмен на китайский чай. Идут также споры о том, насколько мог Минский двор де-факто влиять на сменявшие друг друга у власти кланы властителей Тибета – Пхагмодру (1354—1436), Ринбунг (1436—1565), и Цангпа (1565—1642)
В течение XIV столетия предпринималось несколько попыток вооруженного вторжения в Тибет, но его жители успешно отражали подобные вылазки.
Патрисия Эбрей, Томас Лэйярд, Ван Цзявэй и Ньима Гьялцен единодушны в том, что Минская империя, в отличие от Монгольской, не имела на тибетской территории постоянных гарнизонов
Император Ваньли (1572—1620) пытался, начиная с 1578 года, строить отношения с соседями на принципах монголо-тибетского альянса, что в свою очередь обусловило Цинскую (1644—1912) политику по отношению к Тибету и оказанную в это время поддержку Далай-ламы и буддийской школе Гэлуг.
В конце XVI столетия, под предлогом защиты Гэлуг, монголы постоянно наращивали своё присутствие в Амдо, и в конечном итоге Гуши-хан (1582—1655) покорил Тибет в 1642 году.
По мнению большинства исследователей, Тибет не был частью империи Мин. Внешние атрибуты подчинения служили в основном для «внутреннего пользования» в Китае – легитимации власти императора Срединного государства как владыки мира в глазах подданных.
Так, в официальном списке «данников» империи Мин было более 100 территорий, многие из которых даже не имели границ с Китаем: Бадахшан, Аравия, Самарканд и т. д. «Данниками» объявляли все государства, из которых приходили послы, купцы и т. д.
Далее империю Мин сменила империя Цин и снова Тибет оказался в сфере ее влияния.
Империя Цин
После падения империи Мин Китай был завоеван маньчжурами и стал неотъемлемой частью маньчжурской империи Цин. Маньчжурский император Айсиньгиоро Сюанье, правивший под девизом «Канси», ставил своей целью разгром Джунгарского ханства и покорение Тибета. Политическая обстановка в этих странах облегчала реализацию политики Пекина.
В 1705—1710 годах в Тибете разгорелась вооружённая борьба за власть между хошутским правителем Лхавзан-ханом и тибетским регентом Сангье-гьяцо (Санчжай Чжамцо).