Со второй половины 1980-х годов политическая обстановка в стране становилась все более неспокойной, люди ожидали перемен, выходили на митинги, требовали альтернативных выборов, прислушивались к аргументам бывших советских диссидентов, которые были введены в политическую элиту страны. В результате нараставших политических и экономических процессов в августе 1991 года произошел так называемый «путч», после которого Коммунистическая партия Советского Союза была запрещена. 21 августа 1991 года М.Ф. Сычев оказался в самой гуще событий – на период отпуска первого секретаря Вологодского обкома КПСС В.А. Саранских исполнял его обязанности. М.Ф. Сычев вспоминает: «Московские телефоны молчали, напряжение было огромным. На следующий день в приемную зашел высокий милицейский чин и попросил меня покинуть служебный кабинет. Дал время, чтобы забрать личные вещи. 21 августа 1991 года я покинул здание на Пушкинской, 25, где проработал почти четверть века».
После серьезной и неожиданной перемены в судьбе требовалось решить, как жить и работать дальше. Общество относилось к бывшим партийным работникам по-разному. Кто-то из областной политической элиты, оставшейся у власти, поспешил написать заявление в прокуратуру с просьбой проверить деятельность М.Ф. Сычева в последние дни существования КПСС; кто-то прямо, как один из известных областных депутатов, имевший уголовное прошлое, приходил в дом с угрозами. Но коммунистические убеждения Михаила Федоровича, связанные с верой в торжество социальной справедливости, необходимостью построения обеспеченного будущего для населения, никуда не ушли. Началась работа по воссозданию коммунистической организации в Вологодской области, был официально зарегистрирован «Вологодский союз коммунистов». Впоследствии эта организация влилась в Коммунистическую партию Российской Федерации.
Трудовая деятельность М.Ф. Сычева с октября 1991 года была связана с Вологодским научно-консультационным центром, организованным незадолго до этого в системе Кольского центра Академии наук СССР. Директором этого учреждения был назначен Владимир Александрович Ильин, ныне доктор экономических наук, член-корреспондент РАН. Под его руководством ВНКЦ вышел на высоту федерального научного учреждения и именуется сейчас Вологодским научным центром Российской академии наук.