Кремль, как и вся страна, не избежал серьезной «чистки». После убийства Кирова в 1934 году стало раскручиваться так называемое «кремлевское дело», в результате которого Сталин утвердил проект приговора по 108 осужденным «кремлевцам». Те, кто был под подозрением, но еще не осужден, выселялись за пределы Кремля, в «целях обеспечения безопасности руководителей советского государства». Переселялись также и многие высокопоставленные жильцы. Одни – в построенный для них Дом Правительства и прочие элитные здания, другие – в тюрьмы и лагеря. А третьи, как, например, Бухарин, Рыков, Зиновьев, Каменев были расстреляны.
Во время Великой Отечественной войны квартирный вопрос в Кремле находился в замороженном состоянии. В 1941 году в Кремле были прописаны и имели квартиры девять руководителей СССР. Сталин официально жил в квартире № 1 корпуса № 1. Ворошилов – в квартире № 19 корпуса № 9 (апартаменты БКД). Самым «густонаселенным» был корпус № 5 (Кавалерский). «Кавалерами» были Молотов, Микоян, Жданов, Андреев, Калинин. Еще 68 квартир занимали в основном персональные пенсионеры, родственники Ленина, Дзержинского, Орджоникидзе и других, а также семьи руководства комендатуры, НКГБ – НКВД.
С Великой Отечественной войной связана одна из удивительных страниц кремлевской истории, названная «Исчезновение Московского Кремля». Именно он, как сердце России, стал основной мишенью фашистов во время бомбардировок Москвы. Первая бомбежка произошла в ночь на 22 июля 1941 года. Бомба весом 250 кг попал в Большой Кремлевский дворец, но не взорвалась – пробила крышу, потолок Георгиевского зала, упала на пол и развалилась. В результате в паркете образовалась небольшая воронка.
После этого было решено срочно, в условиях строжайшей конспирации «спрятать Кремль». Красные звезды на башнях и кресты на соборах зачехлили, башни и купола закрасили в черный цвет или затянули мешковиной. По всему периметру Кремлевской стены поставили «ложные кварталы», часть Тайницкого сада окутали расписанными под шифер матерчатыми «крышами», перекрасили фасады и крыши кремлевских зданий.
Никита Хрущев, став хозяином страны, выселил из кремлевских покоев всех постояльцев из числа сталинской гвардии. В 1955 году на улицу Грановского (ныне – Романов пер.) переселились Вячеслав Молотов и Анастас Микоян. Затем пришла очередь Лазаря Кагановича семей Дзержинского, Орджоникидзе и многочисленных персональных пенсионеров. По словам очевидцев, отчаянно сражался за свою кремлевскую квартиру «первый маршал» страны Клим Ворошилов, который прожил в Кремле более 37 лет. Именно он в 1962 году стал последним, кто покинул свои кремлевские апартаменты.