Постепенно в Вологде собрался такой состав ссыльных, что ее, шутя, начали называть северными Афинами: философ Николай Бердяев, Анатолий Луначарский, писатель Алексей Ремизов, знаменитый эсер-боевик, в будущем писатель, поэт и один из главных врагов советской власти Борис Савинков, член «Союза борьбы за освобождение рабочего класса», в который входил и молодой Ленин, впоследствии известный пушкинист Павел Щеголев и многие другие. Ничего удивительного, что при таком «ссыльном контингенте» в Вологде кипела бурная духовная жизнь.
Пока Богданов находился в ссылках, в русской социал-демократии происходили поистине исторические события. В 1898 году девять делегатов от различных кружков провели в Минске первый съезд Российской социал-демократической рабочей партии. В 1903 году на II съезде РСДРП в Брюсселе и Лондоне партия разделилась на «большевиков» и «меньшевиков». Богданов в своей автобиографии написал, что он «осенью 1903 года примкнул к большевикам».
В начале 1904 года закончилась его ссылка в Вологде. Вскоре Богданов вместе с женой уехал из России в Швейцарию. В Женеве он познакомился с Лениным. Тот уже слышал о нем, читал его работы и, как вспоминал сам Богданов, «горячо приветствовал» его «Краткий курс экономической науки».
В 4-м номере журнала «Мир Божий» за 1898 год появился его отклик на богдановский «Краткий курс»: Ленин назвал его «замечательным явлением в нашей экономической литературе» и хвалил книгу за «полную выдержанность направления от первой до последней страницы книги». Подразумевалось, естественно, марксистское направление.
Понравилась Ленину и вторая книга Богданова «Основные элементы исторического воззрения на природу», вышедшая в 1899 году. Он даже думал, что под псевдонимом «Богданов» скрывается сам Георгий Плеханов – один из основоположников русской социал-демократии.
При непосредственном знакомстве они подарили друг другу свои очередные работы. Богданов Ленину – первую часть своего главного философского труда «Эмпириомонизм», которая была напечатана в том же, 1904 году (вторая часть появится в 1906 году). В этой работе Богданов пытался обосновать новую теорию познания мира в эпоху научных открытий и «разрушения всяческих фетишей». По Богданову, философские представления о материи и сознании уже устарели, а представление об окружающем мире человечество получает в результате коллективного опыта.