В 1805 г. Адмиралтейств-коллегия предписала командиру порта в Охотске приложить возможное старание в приведении местной навигацкой школы в надлежащее состояние, «дабы из оной могли содержимые в сем крае казенные суда, а в случае нужды купеческие российско-американской компании снабжаемы быть добрыми штурманами, сведущими о здешних морях и реках во всей их подробности».
Однако состоявший тогда в этой должности капитан 1 ранга И. Н. Бухарин школой занимался мало. Чтобы хоть как-то исполнить указ, в 1807 г. он приказал штурману Потапову читать в школе курс математики. В 1808 г. штурманских учеников учил штурман Борисов. В 1809 г. новый командир порта капитан-лейтенант М. И. Миницкий приложил максимум усилий для восстановления обучения. Несмотря на весьма скудные средства, он построил дом для школы, сам наблюдал за обучением. Уже в октябре Миницкий докладывал иркутскому губернатору, что успехи некоторых учеников таковы, что он надеется через два года заменить ими недостаток штурманов в Охотске. В 1811 г. некоторые ученики, действительно, были назначены штурманами на корабли в Охотске. В 1812 г. 5 учеников были отправлены в плавание на шлюпе «Диана», а 6 – распределены по местным транспортам. Выпуск этого военного года оказался наиболее подготовленным (6 человек были произведены в штурманы с правом самостоятельного управления транспортами).
Иркутский губернатор Н. И. Трескин, по докладу М. И. Миницкого, 8 сентября 1811 г. вышел с ходатайством к сибирскому генерал-губернатору И. Б. Пестелю об утверждении нового штата школы. Штат, утвержденный уже во время войны, 2 мая 1813 г., заключался в следующем: военное «Морское училище в Охотске учреждается для образования мореходцев и корабельных мастеров. …В училище полагается 20 учеников. Вступив в училище, ученики полагаются на действительной службе в звании рядовых. …Смотритель училища назначается из флотских штаб или обер-офицеров. Училище состоит под наблюдением охотского начальника». Там преподавались: закон божий, грамматика, каллиграфия, арифметика, геометрия, тригонометрия, алгебра, навигация, астрономия, геодезия, топография, география, история, статистика, корабельная архитектура, рисование, черчение планов и карт. Для морской практики ученики посылались на местных транспортах в плавание на Камчатку. Окончившие полный курс наук и побывавшие в морской практике, по результатам экзамена в присутствии всех морских офицеров Охотска производились в штурманы или подштурманы.