18 апреля 1795 г., докладывая Сенату о положении дел в Охотском порту, правитель Иркутского наместничества41 указывал, что «выпускники из мореходной школы недостаточно обучены, вверить им судно сразу невозможно». В 1796 г. предложено было закрыть школу. Тогдашний комендант Охотска премьер-майор князь Мышецкий доносил, что положено иметь в порту 6 судов, на них столько же штурманов. Однако только двое знают свое дело, остальные четыре – ученики школы, не бывшие от роду в море… Но Адмиралтейств-коллегия продолжала считать подготовку кадров в Охотске необходимой, закрывать школу запретила и предписала восстановить там обучение42.
В 1801 г. Адмиралтейств-коллегия предписала очередному заведующему морской частью порта капитан-лейтенанту В. Я. Башуцкому43: «Понеже коллегии известно, что в Охотске есть школа, в которой находятся несколько учеников, обучающиеся мореплаванию, то, дабы по важности сего училища преподать ученикам все нужные познания, и чтобы тамошний край снабдить знающими людьми мореходство, – коллегия полагает, сверх назначенного для оного штурмана, который ныне туда командирован, употребить и других штурманов, когда они настоящей их должностью заняты не будут; а чтобы к изучению прилагали все свое старание, то о производстве им соразмерного трудам их жалования представлено сделать положение вице-адмиралу И. К. Фомину44 и по сделании представить оное иркутскому губернатору». Башуцкий деятельно занялся школой, возникла активная переписка между Адмиралтейств-коллегией, иркутским губернатором, инспекторами…
К концу XVIII в. Европейская Россия, кроме Санкт-Петербургского морского кадетского корпуса (высшего военно-морского учебного заведения для подготовки командирских кадров из дворян, с геодезическим классом для подготовки гидрографов и преподавателей общих дисциплин из разночинцев), располагала двумя штурманскими училищами (в Кронштадте и Николаеве) и двумя трехклассными училищами корабельной архитектуры (в Санкт-Петербурге и Херсоне) – для подготовки штурманов и кораблестроителей из разных сословий, а также сетью портовых школ, готовивших квалифицированные рабочие кадры для Адмиралтейства (и каким-то образом превращавшихся45, по мнению Н. И. Барбашева, в резерв штурманских и командирских кадров).
Затем, в самом начале XIX в., высшее морское командование провело реформу штурманской службы, что сопровождалось и изменениями законодательства: 10 февраля 1804 г. Сенат утвердил указ «О новом образовании штурманской части, с приложением о числе штурманских чинов на Балтийском Флоте, и штата Штурманского училища». Штат и положение о Штурманском училище стали основополагающими документами и в деятельности Охотской школы (в дальнейшем – военно-морского училища).