Решение по Макарову было принято лично императором, и 14 июля 1867 г. последовал приказ морского министра №128: «Производится за выслугу лет и по экзамену: воспитанник Морского училища Приморской области Восточной Сибири Степан Макаров с высочайшего разрешения в гардемарины с назначением в Балтийский флот». А 24 мая 1869 г., после плавания на фрегате «Дмитрий Донской», С. О. Макарову было присвоено и первое офицерское звание – мичман. До производства в офицеры он прослужил 11 лет (из которых провел в море: 1 042 дня на ходу и 142 дня на якоре).
Увы, первым и главным основанием для производства в чин было тогда сословное происхождение. Вне зависимости от «благородно-безукоризненного поведения, знания дела, постоянного исполнения должности офицера» и успехов в учебе, простолюдин мог быть произведен в кондукторы лишь через 12 лет, а в офицерский чин по адмиралтейству – только за отличие в бою либо по экзамену. Такой порядок просуществовал без изменений до 1874 г.
Техническая отсталость российского флота, проявившаяся в войне 1853—1856 гг., потребовала улучшения подготовки офицерских кадров и перехода от рекрутской повинности к всеобщей воинской. В 1855 г. была создана правительственная Комиссия по ревизии военно-морских учебных заведений. В марте 1859 г., по приказу великого князя Константина Николаевича, все накопленные ею материалы переданы адмиралу Е. В. Путятину для составления проекта преобразования морских учебных заведений, и уже через 2 месяца этот проект представлен им на высочайшее утверждение.
Предполагалось, что военный флот будет комплектоваться только офицерами с высшим образованием. Сохранялись Морской корпус и Техническое училище78 Морского ведомства, все же остальные училища79 расформировывались, а избыток кадетов переводился в специально созданные казенные мужские гимназии, подчиненные Военному ведомству.
В своем годовом отчете за 1868 год Приморский военный губернатор сообщал о состоянии учебных заведений и средств обучения в области следующее: «Отдаленность Приморской Области даже от имеющихся в Сибири учебных заведений составляет одно из невыгодных условий жизни в этом краю лишая образованный класс населения возможности дать желаемое образование своим детям. В устранение до некоторой степени от этого неудобства учреждены в Николаевске два казенных училища штурманское и женское, но первое из них имея совершенно специальный характер не могло удовлетворить существующей здесь главным образом потребности в элементарном образовании и оно в настоящее время имея всего одного воспитанника предполагается к закрытию с тем, чтоб назначаемые суммы на содержание его Морским Министерством 1 040 р. обратить на увеличение средств открытого в 1867 году элементарного училища… В Николаевске существует еще одно народное училище при порте, где мальчики после занятий в мастерских в вечернее время обучаются грамотности и начальным насущным познаниям под руководством состоящих при порте офицеров».