В 1524 году, после участия в завоевании империи ацтеков, Педро де Альварадо, его брат Гонсало и их люди пересекли Рио-Пас на юг на территорию Кускатлека. Испанцы были разочарованы, обнаружив, что в Пипиле нет золота или драгоценных камней, подобных тем, которые они нашли в Гватемале или Мексике, но они признали богатство вулканической почвы этой страны.
Педро Альварадо возглавил первое вторжение, чтобы распространить свое владычество на домен Кускатлан в июне 1524 года. Когда он прибыл к границам королевства, он увидел, что гражданские лица были эвакуированы. Воины Кускатлека двинулись к прибрежному городу Акахутла и стали ждать Альварадо и его войска. Альварадо приблизился, уверенный, что результат будет похож на то, что произошло в Мексике и Гватемале. Он думал, что легко справится с этой новой силой коренных жителей, поскольку мексиканские союзники на его стороне и пипил говорили на одном языке.
Альварадо описал солдат кускатлека как имеющих щиты, украшенные красочными экзотическими перьями, похожую на жилет броню из трехдюймового хлопка, которую стрелы не могли пробить, и длинные копья. Обе армии понесли большие потери, раненый Альварадо отступил и потерял много своих людей, особенно среди мексиканских индейцев. Как только его армия перегруппировалась, Альварадо решил направиться к столице Кускатлана и снова столкнулся с вооруженными кускатлеками. Раненый, неспособный сражаться и прячущийся в скалах, Альварадо послал своих испанских людей на лошадях приблизиться к Кускатлеку, чтобы посмотреть, будут ли они бояться лошадей, но они не отступили, вспоминает Альварадо в своих письмах Эрнану Кортесу.
Кускатлекцы снова напали и украли испанское оружие. Альварадо отступил и отправил мексиканских гонцов требовать от воинов кускатлека вернуть украденное оружие и сдаться королю противника. Кускатлек ответил знаменитым ответом: «Если вам нужно ваше оружие, приходите за ним». По прошествии нескольких дней Альварадо, опасаясь засады, отправил на переговоры еще нескольких мексиканских гонцов, но эти гонцы так и не вернулись и, предположительно, были казнены.
Испанским усилиям решительно сопротивлялись Пипиль и их соседи, говорящие на языке майя. Они разгромили испанцев и то, что осталось от их тласкаланских союзников, вынудив их отступить в Гватемалу. После ранения Альварадо оставил войну и назначил своего брата Гонсало де Альварадопродолжить задание. Две последующие экспедиции (первая в 1525 году, а затем меньшая группа в 1528 году) привели Пипиль под испанский контроль, так как пипиль также был ослаблен региональной эпидемией оспы. В 1525 году было завершено завоевание Кускатлана и основан город Сан-Сальвадор. Испанцы столкнулись с большим сопротивлением со стороны пипиля и не смогли достичь восточного Сальвадора, области Ленкас.