Развитая цивилизация в Сальвадоре восходит к ее заселению коренным народом ленка; они были первой и старейшей коренной цивилизацией, поселившейся там. Они были союзом центрально-американских племен, которые контролировали большую часть перешейка от южной Гватемалы до северной Панамы, который они называли Манагуара. Ленка восточного Сальвадора ведет свое происхождение от определенных пещер с древними пиктограммами, датируемыми, по крайней мере, 600 годом нашей эры, а некоторые источники говорят, что еще в 7000 году до нашей эры, хотя их роль неясна. Их влияние остается зафиксированным в виде каменных памятников и артефактов, сохранившихся в западном Сальвадоре, а также в национальном музее. Население майя поселилось там в период формирования, но их численность значительно сократилась, когда извержение супервулкана Илопанго вызвало массовый исход.
Столетия спустя жители этого района были вытеснены людьми пипил, науа-говорящими группами, которые мигрировали из Анауака, начиная примерно с 800 года нашей эры, и заняли центральные и западные регионы Сальвадора. Науа пипил были последними коренными жителями, прибывшими в Сальвадор. Они называли свою территорию kuskatan, слово Nawat, означающее «Место драгоценных камней», обратно сформированное в классический науатль cōzcatlānи испаноязычное как cuzcatlán. Это был самый большой домен на сальвадорской территории до европейского контакта. Термин Кускатлеко обычно используется для идентификации кого-то сальвадорского наследия, хотя большинство восточного населения имеет коренное наследие происхождения ленка, как и их топонимы, такие как Интипука, Кирилагуаи Лолотик.
Большинство археологических памятников в западном Сальвадоре, таких как Лаго-де-Гуйя и Хойя-де-Серен, указывают на доколумбовую культуру майя. Чихуатан демонстрирует признаки материальной торговли с северной культурой науа, восточной культурой майя и ленка, а также южной культурой коренных жителей Никарагуа и Коста-Рики. Меньшая структура B1—2 Tazumal показывает стиль архитектуры талуда-таблеро, который связан с культурой науа и соответствует их истории миграции из Анауака.
К 1521 году коренное население мезоамериканского региона резко сократилось из-за эпидемии оспы, которая распространялась по всей территории, хотя она еще не достигла уровня пандемии в Кускатлане или северной части Манагуары. Первый известный визит испанцев на территорию современного Сальвадора совершил адмирал Андрес Ниньо, возглавлявший экспедицию в Центральную Америку. Он высадился в заливе Фонсека 31 мая 1522 года на острове Меангера, назвав его Петронила, а затем пересек залив Джикилиско в устье реки Лемпа. Первыми коренными народами, вступившими в контакт с испанцами, были ленка из восточного Сальвадора.