И вот тем временем Готхард Кетлер, ливонский ландсмейстер, тайно приехав в Вильну, заключил с литовским великим князем Сигизмундом II соглашение, по которому земли ордена и владения рижского архиепископа переходили под «клиентеллу и протекцию» Великого княжества Литовского.
Получив помощь от Литвы, деньги от Швеции и Дании, за уступку им Ревеля и острова Эзель, Ливонская конфедерация собрала новые полки, из местных, и обильно хлынувших в страну, на денежные посулы, наёмников, и за месяц до окончания срока перемирия ударила по малочисленным русским гарнизонам, стоявшим в перешедших в русское подданство городах. Не имея сил сопротивляться русские воеводы увели своих людей, оставив убитыми и пленными больше тысячи ратников.
Вздохнув тяжело, царь Иван послал новые войска в ливонские земли, наказав жителей не обижать, пленных не мучить. Вскоре пал Мариенбург (Примечание: ныне Алуксне в Латвии).Потом ливонцы и наёмники бежали от русских полков при Эрмесе, и сразу же был взят город Феллин, Произошёл распад Ливонской конфедерации. Сдавшийся в пленен ливонский ландмейстер Тевтонского ордена Вильгельм фон Фюрстенберг был царём Иваном принят ласково, пожалован землёй в Ярославле, и деньгами на первое время. Казалось война закончена, но получившие ливонские земли Швеция и Литва потребовали от Русского царства удаления войск с их территории, Иван Грозный ответил отказом. Теперь надо было ожидать войны с литовцами и шведами.
Осенью 1561 года вновь образованное в Курляндии герцогство Курляндия и Семигалия, с прочими землями, перешли в состав Великого княжества Литовского. А шведские каперы, той же осенью начали останавливать. грабить и топить суда плывущие в Нарву.
Готовясь в войне с новыми противниками, и не желая иметь их против себя слишком много,7 августа 1562 года был подписан мирный договор между Россией и Данией, по которому Русское царство признавало законным владение датчанами островом Эзель.
Теперь настало время поспорить с Литвой. На пути в литовскую столицу Вильну стоял Полоцк. В январе 1563 года, из Великих Лук на Полоцк выступила русская рать числом не менее сорока тысяч. В начале февраля русское войско приступило к осаде Полоцка, а 15 февраля город сдался. Дорога на литовскую столицу была открыта, Литва замерла в ужасе, а потом в состоянии того же ужаса метнулась в объятия Польши, которая давно имела свои интересы в Литве. а теперь была не против простереть их и до бывшей ливонской Прибалтики.