Кенесары, считал казахские жузы своим наследственным достоянием и следуя заветам деда Аблая, проводил жесткую политику в отношении лояльных царским властям родов и аулов. С внутренними врагами казахский хан разбирался, применяя угрозы уничтожения или уговаривая принять его сторону. Как? Выполнить его требование – откочевать от граничащих с имперскими властями округов [29]. С несогласными жестоко расправлялись.
В 1843 г. Кенесары удалось отразить наступление русских войск и казахских конных отрядов во главе с султаном Ахметом Жанториным и Б. Айчуаковым, которые понеся большие потери, были вынуждены были вернуться в Оренбург и Омск. К 1844 г. ему удалось создать боеспособную армию в 20 тысяч бойцов. Армия была дисциплинированна, сарбазы проходили постоянное обучение военному делу, на вооружение были пушки и ружья, наладили производство пороха, делали попытки отливать пушки. Оружие покупали или добывали в бою.
В 1845 г. Кенесары удалось захватить ряд кокандских крепостей: Жанакорган, Жулек и Созак, а в 1846 г. – крепость Мерке.
В то же время, деспотизм Кенесары вызывал возмущение у народа, начавшего открыто выступать против него. В 1844 г. в аулы рода жаппас приехал брат Кенесары султан Наурызбай с отрядом есаулов и начал взыскивать зякет, отбирать имущество и продукты, захватывать женщин и девушек. Жаппасцы выступили с оружием в руках против произвола султана Наурызбая, поощряемого ханом Кенесары, и стали убивать их сподвижников [30]. В ответ, повстанцы Кенесары за одну ночь вырезали более 500 аулов жаппасов. Долгое время после этого представители многочисленного по тем временам рода жаппас пылали ненавистью к Кенесары, ведь в своё время они были его надёжной опорой в войне против России, выступая в авангарде его войск [28].
Потерпев поражение от Кенесары российское правительство изменило стратегию. В 1845 г. среди кочевий Кенесары были основаны два мощных укрепления: одно на реке Иргиз, другое – на Тургае. Их постройка сильно затруднила положение повстанцев. От Кенесары потребовали не вступать во внешние сношения с государствами и отдельными лицами, которые считались «неприятелями» России. Ему намекнули, что он не имеет права присваивать себе титул хана и что это – прерогатива царя и разрешили кочевать только в небольшой местности под названием Каракуга.