После этого Кенесары принял решение откочевать в Семиречье и попытался найти политическое убежище в Китае. Он отправил туда посольство во главе с султаном Кудайменды, но китайцы ответили отказом, не желая портить отношения с Россией, что было зафиксировано в фондах Исторического архива Омской области: «Посланные возвратились спустя месяц с двумя китайскими чиновниками и одним переводчиком, которые объявили Кенисаре, что он под покровительство Китая принят быть не может» [7].
Получив отказ от китайцев Кенесары решил подчинить себе кыргызов. Однако, у кыргызов, в отличие от казахов, не было традиции подчинения чингисидам, и они поддерживали дружественные отношения с российскими властями. Они разгромили посланный к ним более чем трехтысячный отряд Кенесары. Часть отряда была уничтожена, часть – вернулась раздетой, без коней и вооружения. В плен попали более, чем 2,5 тыс. человек, за которых кыргызы потребовали выкуп. Выплата выкупа разорила сторонников Кенесары.
После ряда приграничных столкновений, в которых повстанцы Кенесары, по утверждениям кыргызских и некоторых казахских источников, показали особую жестокость (например, «Первые удары Кенесары Хана против Кыргызов начались от рода Мундуз где проживал Дядя Ормон Хана. Кенесары полностью перебил всех жителей, не жалел ни детей, ни женщин и оставил только одного коня и то раненного» [27]. «Кенесары начал жечь их аилы, жестоко убивая всех кыргызов за их отказ помогать ему в войне с Россией. Они тогда стояли перед угрозой полного геноцида. Справедливости ради следует отметить, что точно также Кенесары уничтожал и казахские аулы за неподчинение. Он был далеко не демократ, и время было военное, жестокое» [54]) и череды попыток мирных переговоров в апреле 1847 года Кенесары с 10-тысячным (по другим данным, 20-тысячным) отрядом вторгся в земли кыргызов и попал в окружение. Большая часть повстанцев, договорившись с кыргызами, ушла, оставив Кенесары с тысячью воинов и 500 ружьями. После трех суток боев Кенесары с остатками войска, попал в плен.
Кыргызские манапы на съезде приняли решение казнить Кенесары.
Широко распространено мнение, что Кенесары отрубили голову, которую затем кыргызский манап Ормон передал в подарок генерал-губернатору Западной Сибири Горчакову в знак верноподданности кыргызов Российской империи.