После возобновления военных действий возглавил 28 апреля 1803 г. 36-пушечный фрегат «Phoenix» в составе Флота Канала. 10 августа 1805 г. столкнулся у мыса Финистерре с 40-пушечным французским фрегатом «Didon» под командой капитана Милюса – последний нёс приказ эскадре (5 линейных кораблей) контр-адмирала Аллемана присоединиться к франко-испанскому флоту адмирала Вильнёва. После ожесточённого боя, длящегося несколько часов, французский фрегат спустил флаг: англичане потеряли 12 моряков убитыми и 28 ранеными (коммодор Бейкер лишился шляпы, сбитой пулей с его головы), потери французов составили 27 убитых и 44 раненых. Доставил приз на Гибралтар.
Там 14 августа 1805 г. получил под команду 74-пушечный линейный корабль «Dragon», на следующий день корабли «Dragon», «Didon» и «Phoenix» были замечены адмиралом Вильнёвым, направляющимся в Брест – французы приняли их за авангард Флота Канала и поспешили удалиться на юг, избегая сражения, вследствие чего вторжение в Англию не состоялось.
3 сентября 1805 г. Бейкер прибыл в Плимут, после чего был направлен в Бискайский залив, 2 ноября 1805 г. обнаружил у мыса Финистерре отряд контр-адмирала Дюмануара Ле Пеллей из четырёх линейных кораблей («Formidable», «Duguay-Trouin», «Mont-Blanc» и «Scipion»), спасшихся в сражении при Трафальгаре и заманил их к мысу Ортегаль, где 4 ноября 1805 г. французы потерпели поражение от британской эскадры (4 линейных корабля, 4 фрегата) коммодора Страшана.
С мая 1806 г. командовал линейным кораблём «Tribune» в Бискайском заливе. 21 мая 1808 г. – командир 74-пушечного линейного корабля «Vanguard» в составе эскадры адмирала Томаса Берти в Балтийском море. В 1811 г. возвратился в Англию и с 22 ноября 1811 г. по 2 августа 1815 г. командовал 74-пушечным линейным кораблём «Cumberland».
12 августа 1819 г. – полковник Морской пехоты.
19 июля 1821 г. – контр-адмирал.
С 1829 по 1833 г. – главнокомандующий морской станции Южной Америки.
10 января 1837 г. – вице-адмирал.
Умер Кавалер орд. Бани (8 июня 1831 г.), кавалер нидерландского военного орд. Вильгельма (1816 г.) в Уолмере 26 января 1845 г. в возрасте 73 лет.
Бекквит, Джон Чарлз (1789—1862) – британский генерал-майор (7 ноября 1846 г.) и филантроп, племянник генерала от инфантерии сэра Джорджа Бекквита (1753—1823) и генерал-лейтенанта сэра Томаса Сиднея Бекквита (1772—1831).