Иэясу чувствуя опасность со стороны Хидэери созвал большое войско и осадил замок Хидэери. Последовавшая за этим война была очень короткой, но, если верить отчету иезуитов, погибло 100 000 человек. Замок пал, а вместе с ним и дело христиан. Сменивший Иэясу Хидэтада19, выносил смертный приговор каждому иностранцу, будь то священник или катехизатор, обнаруженный в стране. Все христиане, отказавшиеся отречься от своей веры, также были приговорены к смертной казни. История последовавших за этим гонений слишком ужасна, чтобы ее описывать. Огонь и меч истребляли христиан по всей стране. Новообращенных заворачивали в соломенные мешки, складывали в кучу и поджигали заживо. Бывало, что ставили кресты, а затем их поджигали и огнем от них сжигали христиан. Некоторых хранили заживо.
Всевозможные пытки жесточайшим образом применялись к верующим, однако спокойствие и стойкость, с которыми они переносили мучения с радостью умирая за свою веру, вызывают у меня восхищение. Япония прославила мучеников не меньше, чем Древний Рим. Древний Рим.
Несмотря на безропотное перенесение страданий, христиане больше не могли выносить преследований и 30 000 японцев подняли восстание в ходе которого был захвачен замок Симабара20, который на четыре месяца стал непреступной крепостью для правительственной армии. Только отряду опытных ветеранов удалось захватить крепость. Мужчины, женщины и дети – все были убиты. Говорят, что многие из них были брошены со скалы в море, но этому не находится подтверждение, скорее всего это всего лишь миф.
В адрес голландцев-протестантов, проживавших в то время в Нагасаки было предъявлено обвинение, что они содействовали правительственной армии в свержении повстанцев-католиков. Но подтверждение этим слухам не нашлось, вероятно это обвинение не соответствует действительности.
Сил у христиан Японии уже не было, меч и огонь смели всякий след христианства. Истребление было таким масштабным, что нехристианские писатели указывали на правильность действий правительства Японии, т.к. ранее якобы сами христиане захватили страну мечом и теперь получают воздаяние.
Но священный остаток никогда не уходил из Японии, несмотря на гонения, христиане все еще продолжали тайно собираться и проводить богослужения. Когда страна была вновь открыта в 1859 году, отцы-католики обнаружили, что в Нагасаки и его окрестностях остались целые деревни христиан, которые втайне придерживались своей веры.