Через 9 дней произошло знаменитое сражение при Маренго, в котором Наполеон разгромил австрийскую армию Меласа. Немалый вклад в достижение этой славной победы внесла героическая оборона Генуи, отвлекшая на себя значительные силы противника.
24 июня 1800 г. Наполеон назначил Массену главнокомандующим французскими войсками в Италии (объединенные силы Резервной и Итальянской армий, а также ряда отдельных корпусов). Это была награда за оборону Генуи, обессмертившую имя Массены.
Но прошло всего несколько недель, и Наполеону пришлось пересмотреть свое решение. Дело заключалось в том, что, получив пост главнокомандующего, Массена без промедления принялся извлекать из него всевозможные материальные выгоды. Грабежи и мародерства, давно уже укоренившиеся во французской армии, приняли при новом главнокомандующем повальный характер, превратившись в хроническую болезнь, разъедавшую и без того не очень здоровый армейский организм. При этом сам главнокомандующий не только не принимал никаких мер по пресечению всех этих безобразий, но зачастую и санкционировал их.
Возмущенный таким поведением Массены Первый консул 13 августа 1800 г. отстранил его от командования, заменив генералом Брюном. Однако отправить своего старого соратника в отставку Наполеон все же не решился, хотя и перевел его на половинное жалованье. Зная, как трепетно относится Массена к деньгам, Бонапарт расчетливо нанес удар по его самому больному месту. Правда, уже через месяц Первый консул смилостивился и назначил опальному генералу жалованье в полном размере (30 тыс. франков в год).
Только через два года после заключения Люневильского мира (9 февраля 1801 г.), завершившего войну со Второй антифранцузской монархической коалицией, Наполеон назначил находившегося все это время не у дел Массену членом Законодательного корпуса (1803 г.), хотя летом 1802 г. тот публично высказался против пожизненного консульства Наполеона Бонапарта. В Законодательном корпусе обиженный на Первого консула Массена примкнул к его противникам, открыто порицавшим переворот 18 брюмера и установившийся после него авторитарный стиль правления. Его подчеркнутая самостоятельность, строптивость и неуступчивость, дружба с генералом Моро и другими оппозиционерами, открытое выступление против установления во Франции империи и другие демарши Массены вызвали неудовольствие Наполеона.