Далее шли по старшинству князья Трубецкие, Шуйские, Голицыны. Но на дворовых мероприятиях они присутствовали относительно редко в сравнении с Годуновыми. Поэтому часто по разрядным записям Годуновы значатся вторыми сразу после Мстиславского. Первое место обычно занимает Дмитрий Иванович, родной дядя царицы. Фактически именно он возглавлял Боярскую Думу.
Правление Федора Иоанновича в целом можно считать успешным.
В первый же год ему пришлось усмирять также доставшийся «в наследство» от батюшки бунт поволжских народов, которые намеревались вновь отделить от Русского государства Казанское ханство.
Начавшееся еще в 1581 году, во время Ливонской войны, при поддержке крымских и ногайских ханов, восстание так называемой луговой черемисы (марийцев), вскоре распространившееся по обоим берегам Волги, на правобережной Горной стороне в начале 1583 года было подавлено. Однако левобережная сторона Волги к моменту воцарения Федора Иоанновича все еще оставалась охвачена активными действиями восставших.
Направленное в конце лета 1584 года на подавление восстания и усмирение бунтовщиков войско смогло справиться с поставленной перед ним задачей уже к осени. Помимо военных методов в ход была пущена и дипломатическая составляющая.
Одновременно царь начал реформу налоговой системы. Были отменены тарханы, представлявшие собой освобождение церкви и монастырей от некоторых видов налогов и податей.
Кроме того, именно при Федоре Иоанновиче завершилась перепись всех земель в центральных и северных районах государства. Последняя нашла свое отражение в Писцовых книгах, которые царь лично изучал для решения будущих вопросов, связанных с налогообложением земельного фонда и не только.
Для более четкого руководства государством каждую пятницу в Столовой палате стал собираться особый собор. На заседания приглашались митрополит, бояре, возглавлявшие приказы, и видные дьяки. Обычно присутствующие обсуждали какой-либо конкретный вопрос. Каждый высказывал свое мнение, которое фиксировалось на бумаге. Потом Федор Иоаннович просматривал записи и принимал окончательное решение.
Большим достижением царя Федора следует считать учреждение в Москве патриаршества в 1589 году. Данное событие вывело Русскую Православную Церковь из подчинения Константинопольской патриархии; с момента введения патриаршей кафедры РПЦ стала самостоятельной.