Кроме того, это был знак для Ватикана, уже долгое время пытавшегося окатоличить Россию. Теперь не так просто было оказывать давление на независимую церковь.
В официальных документах прямо говорится, что инициатором введения в России патриаршества являлся сам государь.
Церемония избрания первого Московского патриарха прошла 26 января 1589 года на заседании Освященного собора. Им стал митрополит Иов.
При Федоре Иоанновиче были возвращены территории на Балтике, утраченные его отцом в ходе неудачной Ливонской войны. Для этого ему пришлось лично возглавить войско и штурмом взять Ивангород в устье реки Наровы.
Подготовка к данному походу началась еще в 1589 году. В декабре войско выступило из Москвы к Новгороду. Там было решено, что основные полки во главе с царем двинутся к Ивангороду, а вспомогательные – к Копорью и Яму. Итогом стали сдача в феврале 1590 года после продолжительной осады Ивангорода и захват Яма и Копорья.
Тявзинский мирный договор, заключенный 28 мая 1595 года, закрепил возврат России Яма, Копорья, Ивангорода и Корелы, которые были потеряны в результате Ливонской войны. Однако, возвратив эти города, Россия была не вправе строить на побережье морские гавани.
Именно при Федоре произошло последнее нападение крымских татар на Москву. Случилось это в июле 1591 года, когда войска под началом Казы-Гирея были разбиты и более не пытались воевать с московскими государями.
Помимо всего описанного выше в правление Федора существенно расширились и укрепились границы Русского государства. Продолжалось освоение Сибири. Значительное место в царствование Федора занимало градостроение. Белгород, Валуйск, Воронеж, Елец, Кокшайск, Кромы, Курск, Ливны, Оскол, Самара, Саратов, Севск, Уржум, Уфа, Царицын, Цивильск, Ядринск – все эти города были возведены при царе Федоре.
В Сибири построены Верхотуровск, Обдорск, Пелым, Сургут, Тара, Тобольск, Тюмень.
В предгорьях Кавказа – крепости Терский городок, Сунженский городок и городок на Койсе.
На севере был основан Архангельск, ставший основным центром торговли с Англией, начавшейся еще во времена правления его отца.
В народной памяти закрепилось представление о том, что при царе Федоре Иоанновиче Русское государство ширилось и процветало, и люди жили в нем спокойно и благополучно, «и никоторая кровь и война при нем, государе, не бывала». Под войной, судя по всему, понимались междоусобицы и внутренние раздоры.