Ему не было еще и 17 лет, когда в 1798 г. вместе с Наполеоном он отправился в экзотический Египет, по-прежнему исполняя обязанности адъютанта главнокомандующего.
Именно в этом первом роковом походе Бонапарта случилось первое испытание мужской дружбы отчима и пасынка. Там юному пасынку-адъютанту Наполеона пришлось быть свидетелем скоротечно-бурной любовной связи его отчима с вожделенным секс-символом Египетской армии Полиной Фуре и скакать за каретой Наполеона под иронические выкрики солдатни в адрес аппетитной белокурой милашки: «Виват, Клиупатра!!!» Потом его мать-вертихвостка сама оказалась на грани развода из-за легкомысленного для женщины, уже вступившей в бальзаковский возраст, увлечения интендантским молодцеватым капитаном Ипполитом Шарлем – очевидно, мастером «вкручивать „лампочки“, оставленным без мужниного присмотра дамочкам, еще весьма охочим „пошалить“, в их потертые, но все еще влажные „ножны“». Считается, что якобы именно он умолил отчима простить его легкомысленную мать, с головой кинувшуюся в любовные тенета ласкового и «мастеровитого» красавца-жиголо и сумел-таки добиться того, что их развод оказался отложенным на целых 9 лет!
Многие не без оснований полагали, что его отношение к Наполеону обязательно ухудшится после развода последнего с его горячо любимой матерью Жозефиной в 1809 г. Но ничего подобного не случилось. Эжен, отменно знавший все «плюсы» и «минусы» своей сколь очаровательной, столь и шаловливой матушки, чьи «ножны» редко не заполнял подходящий «клинок», остался безмерно лично предан Наполеону и после этого драматического события.
Наполеоновский пасынок отличился в сражении при Пирамидах (21 июля 1798 г.) и Сирийском походе (февраль-июнь 1799 г.), особенно при взятии крепости Яффа (7—8 марта 1799 г.) и осаде Сен-Жан-д’Акр (март-май 1799 г.), где был ранен в голову. 20 января 1799 г. он – лейтенант.
В октябре 1799 г. Богарне вернулся во Францию вместе с Бонапартом и принял участие в перевороте 18 брюмера (9 ноября 1799 г.), в результате которого к власти в стране пришел его отчим, а его пасынок стал адъютантом Первого консула Французской республики.
22 декабря 1799 г. его производят в капитаны конных егерей Консульской гвардии. В начале 1800 г. его адъютантская служба закончилась. Богарне был назначен командиром эскадрона конных егерей Консульской гвардии.