В кампаниях 1796 и 1797 г. на Рейне Дезе был одним из ближайших сподвижников Моро. Но подобно многим другим генералам французской армии того времени Дезе восхищался подвигами генерала Наполеона Бонапарта в Италии.
Желая познакомиться лично с этим прославленным полководцем, который в считанные месяцы затмил своей славой всех других полководцев Французской республики и стал в системе ее военной иерархии звездой первой величины, Дезе после завершения кампании 1796 г. устроил себе командировку в Итальянскую армию. Бонапарт радушно принял знаменитого генерала, о боевых подвигах которого на Рейне он также был хорошо осведомлен.
Знакомство, к удовольствию обеих сторон, состоялось. Дезе был очарован не только приемом, который оказал ему командующий Итальянской армией генерал Наполеон Бонапарт, но и личностью этого человека. С этого времени Дезе сделался его горячим поклонником. Дезе также пришелся по душе Бонапарту. Поэтому когда Наполеон задумал предпринять экспедицию в Египет, сомнений у Дезе по поводу своего участия в ней не было. Бонапарт с большим удовольствием предложил ему командование одной из дивизий своей экспедиционной армии (Восточная армия).
Так Дезе вошел в число ближайших боевых соратников Наполеона.
Египетская экспедиция Наполеона Бонапарта началась 19 мая 1798 г. В этот день корабли французской эскадры и транспорты, имея на борту экспедиционную армию, покинули берега Франции и взяли курс на Египет. Возглавляемая Наполеоном Бонапартом Восточная армия насчитывала 38 тыс. человек (пять дивизий) и 120 орудий. Из 31 генерала, составлявших командование армии, ок. 20 являлись сподвижниками Бонапарта по Итальянскому походу 1796—97 гг.
Высадка войск на египетском побережье произошла 1—3 июля. Последней высаживалась дивизия Дезе. После взятия Александрии (2 июля 1798 г.), в котором дивизия Дезе не участвовала, французская армия направилась к реке Нил. Ее авангардом командовал Дезе. Тяжелейший переход по безводной песчаной пустыне, во время которого в изнуренных палящим зноем и невыносимой жаждой войсках едва не вспыхнул мятеж, был осуществлен за трое суток.
13 июля возглавляемый Дезе авангард в бою при Уамбо (Шебрейс) на левом берегу Нила наголову разгромил передовой отряд (свыше 4 тыс. чел.) армии мамлюков (Мурад-бей) и двинулся на Каир.