21 июля 1798 г. произошло знаменитое сражение у Пирамид, перед которым Наполеон Бонапарт, обращаясь к своим войскам, вроде бы произнес ставшие знаменитыми слова: «Солдаты, сорок веков смотрят на вас!» В этом сражении Дезе командовал правым крылом французской армии, по которому мамлюкская конница Мурад-бея нанесла свой главный удар. Все яростные атаки противника разбились о несокрушимую стойкость французских каре дивизии Дезе. В сражении у Пирамид армия мамлюков потерпела сокрушительное поражение. 24 июля французы заняли столицу Египта – Каир.
Однако полностью уничтожить армию Мурад-бея им не удалось, ее остатки начали отступление в Верхний Египет. Их преследование Бонапарт поручил Дезе, который должен был завоевать Верхний Египет и завершить уничтожение армии мамлюков. Главнокомандующий армией особо подчеркнул, что эта задача является главной в данный момент для Восточной армией.
Кампания в Верхнем Египте продолжалась более 9 месяцев (с августа 1798 г. по май 1799 г.).
Все это время Дезе, располагавший весьма ограниченными силами (до 3 тыс. чел. с 2 орудиями), неутомимо гонялся за неуловимым Мурад-беем, имевшим многократное численное превосходство (свыше 10 тыс. чел.). Не давая противнику ни малейшей передышки, французы проводили многочисленные рейды с целью разгрома его отдельных группировок, отрядов или баз, усмирения взбунтовавшихся населенных пунктов или районов. Стычки с небольшими отрядами противника происходили постоянно. В ходе этой напряженной и изнурительной борьбы Дезе с непоколебимым упорством и настойчивостью решал поставленные перед ним задачи.
Наиболее крупные бои в ходе этой кампании произошли под Седиманом (7 октября 1798 г.), Самхудом (22 января 1799 г.) и Абиудом (8 марта 1799 г.). Все они закончились разгромом мамлюков, несмотря на их подавляющее численное превосходство. К концу мая 1799 г. основные силы мамлюков были уничтожены, и покорение Верхнего Египта завершено. Мурад-бей был вынужден прекратить сопротивление, изъявить покорность и признать установление французского правления в Египте.
За время своего пребывания на юге Египта Дезе показал себя умелым и умным военным администратором. Управляя завоеванным краем, он снискал не только признательность, но и уважение местного населения, называвшего его «султаном Эль-Адель» (справедливый правитель).