В коридорах Смольного, однако, ситуация другая. В отличие от конфликтного Собчака, Путин легко находит общий язык с директорами оборонных предприятий, с армией и силовыми структурами, работниками мэрии и государственных организаций. Жизненным опытом Путин превосходит тех, с кем свела его судьба на новом поприще. Широко известный сейчас Кудрин уже курировал тогда городские финансы, но за плечами у него, кроме университета и аспирантуры, практически ничего нет. А Греф и вовсе ещё сидит в Петродворцовом районе, только начиная заниматься городской недвижимостью.
Во время событий 19–21 августа 1991 года Собчак при поддержке Путина организовал противодействие ГКЧП в Петербурге. После ликвидации ГКЧП В. Путин подписал заявление об отставке из органов и в начале 1992 года был переведен в действующий резерв КГБ в звании подполковника запаса. Тогда же, 20 августа 1991 года, Путин написал заявление о выходе из КПСС. При этом он продолжил работу в мэрии Санкт-Петербурга. В это время Путин оказывается в центре скандала, связанного с его деятельностью в КВС мэрии. К началу зимы 1991 года город оказался фактически на грани голода: мэрия не имела ни одного договора на поставки в город продовольствия. Комитет внешних связей, возглавляемый Путиным, находился в поиске: нужно было что-то быстренько продать, а на вырученные деньги купить продукты за границей.
В качестве руководителя одного из важнейших комитетов мэрии Путин принимал активное участие в экономической деятельности региона. КВС Путина выступил соучредителем нескольких десятков и регистратором тысяч коммерческих предприятий в Санкт-Петербурге. Единообразной системы регистрации предприятий в это время ещё не существовало, и в качестве регистрирующих органов в городе выступали несколько подразделений администрации, в том числе и КВС, регистрировавший преимущественно совместные предприятия, а также другие компании с иностранным участием или экспортно-импортной сферой деятельности. Фирмы, получившие «путинскую» регистрацию, в базе данных мэрии в большинстве случаев легко опознаются по буквенному индексу АОЛ в номере свидетельства о регистрации (например: АОЛ-165, АОЛ-244 и т. д.).
В конце 1991 – начале 1992 года В.Путин выступил инициатором продовольственного снабжения Санкт-Петербурга из-за границы в обмен на экспорт. 4 декабря 1991 года он подписал письмо с таким предложением в Комитет по внешним экономическим связям (КВЭС) Министерства экономики; поскольку «единственным источником поступления продуктов в регион с января по февраль 1992 года может стать их импорт в обмен на экспорт», В. Путин просил «предоставить петербургской мэрии квоту в размере 124 миллиона долларов на экспорт сырья (леса, нефтепродуктов, лома цветных металлов, а также 14 тонн редкоземельных металлов – тантал, ниобий, гадолиний, церий, цирконий, иттрий, скандий, иттербий), а возглавляемому им КВС – право на распределение квот и выдачу лицензий». Мэрия также обращается в Правительство России с просьбой разрешить продать на Запад сверх разрешенных лимитов 150 тысяч тонн нефтепродуктов, 14 тонн редкоземельных металлов, а также черные и цветные металлы, аммиак, цемент и лес. Учитывая особую значимость этих операций, было предложено освободить их от таможенных сборов. 5 декабря на письме Путина появляются две визы: министра внешнеэкономических связей Петра Авена – «Разрешить выдачу квот» и вице премьера Егора Гайдара – «Согласиться». Заключаются необходимые договоры. Однако 15 января таможня Петербурга задерживает судно, вывозившее сырье за границу, и отказывает в выдаче деклараций: уполномоченный МВЭС по Северо Западу счел визу вице премьера недостаточной и потребовал решения правительства. Начинается конфликт двух параллельных структур – уполномоченного МВЭС и Комитета мэрии по внешним связям. Первая отгрузка проводится только 23 февраля – «под личную ответственность товарища Путина». Спустя непродолжительное время – вторая, и последняя. За всю зиму по этим договорам город получает только 128 тонн растительного масла, и те – авансом. Деньги, вырученные по договорам продажи выделенных ресурсов, исчезли.