Вскоре об этом проведали депутаты городского Совета, конфликтовавшие с Собчаком и усердно «копавшие» под мэрию. Уже 10 января 1992 года по решению 13-й сессии Совета была создана специальная депутатская Рабочая группа по расследованию деятельности КВС. Группу возглавили председатель комиссии городского Совета по продовольствию Марина Салье и член комиссии по торговле и сфере бытовых услуг Юрий Гладков (в 2003–2007 гг.
вице-спикер Законодательного собрания Санкт-Петербурга от фракции «Союз правых сил»). Результаты их расследования превзошли самые смелые ожидания. Созданная горсоветом рабочая группа под руководством депутата Петросовета и народного депутата России Марины Салье, впоследствии скончавшейся от инфаркта (некоторые считали, что её «убили»), обвинила Путина и его комитет по внешним связям (там работали также будущий президент и премьер-министр Дмитрий Анатольевич Медведев, будущий глава «Газпрома» Александр Борисович Миллер, будущий председатель правительства РФ Виктор Алексеевич Зубков) в мошенничестве и рекомендовала Собчаку уволить Путина с «волчьим билетом». М. Салье вспоминала, что сырье, в том числе содержащее редкоземельные элементы, продавалось с разрешения КВС за границу «по демпинговым ценам, на порядок ниже рыночных». Она передала материалы своего расследования в городскую прокуратуру и в Контрольное управление Администрации Президента. Прокуратура криминала в деятельности В. Путина не усмотрела, хотя прокурор города Владимир Еременко и направил А. Собчаку представление о «некорректно составленных договорах КВС и неверном оформлении некоторых лицензий». Председатель КВЭС П. Авен также не стал опротестовывать лицензии, выданные петербургским КВС. Тем не менее заместитель В. Путина А. Аникин был вынужден оставить свой пост, а часть заключенных под эгидой В. Путина сделок была расторгнута. Салье вместе со своей депутатской группой раскопала, что, якобы, «путинский» комитет, во-первых, присвоил полномочия правительства РФ по выдаче экспортных лицензий, а, во-вторых, преднамеренно составлял со «своими» фирмами такие нелепые контракты, что юридически они были ничтожными. Ничего нельзя было вернуть даже через суд.
Сырье уходило, а деньги за него оседали на чьих-то счетах за рубежом. Не могли юрист Путин с юристом Медведевым делать это по недомыслию. Но Путин «вел себя по-хамски», «выкручивался».