…7 января 1960 года в клубе чекистов им. Ф.Э. Дзержинского под председательством генерал-майора юстиции Виктора Борисоглебского состоялось заседание Военного трибунала, который вынес Попову приговор, который гласил:
«Попова Петра Семёновича признать виновным в измене Родине и на основании ст. I Закона об уголовной ответственности предать смертной казни с конфискацией имущества».
Изменник был расстрелян, однако, по версии Резуна, еще одного предателя из ГРУ, бежавшего на Запад (в России известен как Виктор Суворов, автор книги «Аквариум»), Попов был заживо сожжен в спецкрематории КГБ.
В качестве доказательства Суворов ссылается на короткую публикацию в «Правде», в которой вместо привычных в таких случаях слов «приговор приведен в исполнение», было напечатано: «уничтожен, как бешеный пес».
В 1961 году Джордж Кайзвальтер назвал свою работу с Петром Поповым генеральной репетицией своего триумфального выступления со вторым «кротом» из ГРУ – полковником Олегом Пеньковским.