С I века нашей эры в степях появилась новая сила – аланы (кочевые племена родственные сарматам), положившие конец сиракскому господству в Прикубанье. На рубеже II – III веков нашей эры под давлением ираноязычных кочевников аланов меоты переселились с Правобережья Кубани в Закубанье.
За несколько веков племена аланов и сарматов истребили коренных жителей края, и он опустел. Меоты, оставшиеся в городищах на левом берегу Кубани, влачили нищенское существование, а сарматы стали постепенно закрепляться на Кубани. Остатки нескольких сарматских укреплений найдены на территории Тбилисского района.
Период раннего средневековья – IV – V веков называют эпохой «великого переселения народов». Если говорить о Кубани, то это смена ираноязычных кочевников тюркоязычными. В их состав входили различные племена: угры, сарматы, тюрки. В Европе их называли гуннами. В IV веке гунны вторглись в Прикубанье. Первыми их удар испытали готы.
Тюркский каганат недолго хозяйничал на Кубани. После разгрома войск каганата в Византии, булгарский хан Кубрат объединил окрестные булгарские племена, забрав юг современной Украины и России, а также часть Крыма. Так, в середине VII века, на территории от Черного до Каспийского морей появилось государство Великая Булгария. Оно не имело четких границ, но степная и приазовская часть будущего Краснодарского края, включая Тамань, входили в Булгарию. Столица находилась в Фанагории на Таманском полуострове.
Булгары получили шанс на самостоятельное развитие, но этому не суждено было случиться – сразу после смерти хана, союз племен, которые он смог объединить, развалился. Сыновья хана перессорились из-за наследства, забрали свои орды и разошлись в разные стороны. Этим воспользовались хазары – они наголову разбили войска всех пятерых сыновей хана Кубрата, которые держались поодиночке, а потом сделали их своими данниками.
Три века Хазарский каганат хозяйничал на Кубани, и только в 965 году киевский князь Святослав смог разгромить хазар, что дало ему возможность основать вассальное Киевской Руси Тмутараканское княжество, с центром в Тмутаракани на месте сегодняшней Тамани.
Тмутараканское княжество просуществовало вплоть до монголо-татарского нашествия и было поглощено Золотой Ордой. Территорию Кубани в 1237 году захватил чингизид Бату-хан, вошедший в русские летописи, как хан Батый.