Накануне монгольского нашествия в регионе процветало скотоводство и земледелие, которым занимались кочевые кипчаки и оседлые адыги и аланы. Под натиском монголов большинство уцелевших кипчаков бежало на запад, а адыги и аланы переселились в труднодоступные горные и плавневые районы.
Обложенные ордынской данью Кубань и Кавказ стремительно беднели, местное население убывало, города так и не смогли восстановиться после разорения.
Через сто лет – в 1395—1396 годах – Кубань и Кавказ оказались на пути походов воевавшего с Золотой ордой Тамерлана, что обернулось очередным разорением этих земель и населявших их народов.
После окончательного распада Золотой Орды территория Кубани попала под власть Крымского ханства, (примерно с 1441 года). В 1475 году Османская Империя взяла под свой протекторат города Анапу и Суджук-Кале (Новороссийск). На Кубани началась османская эпоха.
В 1510-х годах османы основали несколько укреплений вдоль реки Кубань, сделав их центрами обменной торговли и распространения ислама. На месте современного Славянска-на-Кубани воздвигли форт Ачу, возле нынешнего Крымска построили крепость Адда, был восстановлен Темрюк. Вплоть до начала серии русско-турецких войн Османская империя пыталась укреплять свое влияние в регионе.
С 1686 года началась долгая эпоха русско-турецких войн за выход нашей страны к Черному морю, а также завоевание Крыма – тогдашнего вассала и союзника османов. Всего войн было пять: 1686—1700, 1710—1713, 1735—1739, 1768—1774 и 1787—1791 годов.
Из всех войн Россия проиграла только первую. Каждый военный конфликт приближал Империю к решению трех важнейших целей, поставленных еще Петром I: выход к Черному морю, ликвидация Крымского ханства, враждебного по отношению к России, и безопасность южных рубежей государства.
По итогам русско-турецкой войны 1768 – 1774 годов Россия получила выход к Черному морю и Крым. Еще через десять лет было ликвидировано Крымское ханство. Земли Северного Прикубанья вместе с ногайскими племенами стали российскими.
Планомерное заселение Кубани российскими подданными началось после того, как Императрица Екатерина II подарила земли Таманского полуострова прославившемуся в борьбе с турками Черноморскому войску (бывшим запорожцам) с целью охраны ими новых южных границ России.