Стефан не страшился нападать на усиливающиеся протестантские порядки, он обличал протестантов, число которых множилось в столице, в их непоследовательностях – и все сильнее год от года звучал в его проповедях и словах мотив какого-то грустного прощания: «Сияла Россия – мати наша – прежними времени благочестием, светла и аки столб непоколебимый в вере православной утверждена. Ныне же что? Усомневаюсь о твердости твоей, столпе непреклонный, егда тя вижу, ветрами противными отовсюду обуреваема. Веет на тя ветер иконобоный, иконы святые презирающий; веет на тя ветер чревоугодный, посты святые разоряющий».
Стефан написал разоблачающую протестантов книгу «Камень веры» – ни при жизни самого владыки, ни при жизни Петра она так и не была опубликована. При этом Петр держал Стефана вблизи себя и на всех его должностях до самой смерти владыки – несмотря на то что он часто просил об отставке и нападал на царя и его решения в своих проповедях.
В 1718 году Петр пишет Стефану: «…а для лучшего впредь управления мнится быть должно надобной коллегии, дабы удобнее впредь такое великое дело управлять было возможно». Так была озвучена идея Священного синода – коллективного управления Церковью.
Сочувствия у Стефана эта идея не вызвала, и Петр доводил реформу до конца уже с новым союзником, тоже выходцем с Украины – епископом Феофаном (Прокоповичем). Прекрасно образованный в тех же западных малороссийских пенатах, владыка Феофан очень многое в протестантизме поддерживал, оправдывал. Некоторые публицисты называли его не просто сочувствующим протестантам, а прямо протестантом.
К тому же Феофан сумел быть очень эффективным и понятливым исполнителем воли царя, он точно улавливал и правильно толковал его мысли. Петр лично сам подарил Феофану несколько деревень, вручал значительные денежные суммы. Епископ благодаря царским милостям отстроил себе обширное подворье в Петербурге, на левом берегу реки Карповки.
В октябре 1718 г. Петр указал Феофану написать документ для Духовной коллегии – «Духовный регламент». К февралю 1720 года Феофан принес царю проект «Регламента». После этого он прошел согласование в Сенате и у всех епископов и архимандритов Московской епархии.
Государственный аппарат работал уже слаженно, и «Регламент» приняли единогласно.
Этот документ закреплял упразднение патриаршества и учреждение вместо него Святейшего Правительствующего синода (Духовной коллегии). Структура Синода была аналогична остальным коллегиям, то есть государственным министерствам: президент; два вице-президента; четыре советника; четыре асессора. Представителем императора в Синоде был обер-прокурор. Также при Синоде было и целое ведомство фискалов.